White ist davon überzeugt, dass sich Walter trotz Gus’ Ableben weiterhin in Gefahr befindet. Aufgrund ihrer Angst um sich und ihre Kinder bittet sie ihre Schwester Marie darum, die Kinder aufzunehmen. Als Grund schiebt sie Beziehungsprobleme zwischen sich und Walter vor. Ihr Plan ist, resigniert auf die Rückkehr von Walters Krebs zu warten.
Das zur Herstellung des Methamphetamin genutzte Methylamin besorgen sich Walter, Jesse und Mike, indem sie mit Unterstützung des Vamonos-Pest-Teams einen Güterzug berauben und den einen Teil dieser Chemikalie im Kesselwagen gegen Wasser austauschen. Todd, einer der Vamonos-Pest-Mitarbeiter, erschießt dabei ein zufällig am Tatort auftauchendes Kind. Aufgrund verschiedener Umstände entschließen sich Jesse und Mike, vollständig aus dem Methamphetamin-Geschäft auszusteigen. Beide wollen ihren Teil des geraubten Methylamin zu je $5 Mio. an den Methamphetamin-Drogenboss Declan aus Phoenix verkaufen. Declan jedoch verlangt aus Monopolgründen das gesamte geraubte Methylamin. Dies ermöglicht es Walter, den Verkaufsplan von Jesse und Mike zu durchkreuzen, indem er den Verkauf seines Anteils verweigert. Aufgrund seines Rufs als Heisenberg gelingt es ihm, stattdessen mit Declan einen Handel zu schließen, der eine ordentliche Abfindung für Mike vorsieht. Obwohl Walter sich weigert, Jesse seinen Anteil auszuzahlen, steigt dieser ungeachtet seines finanziellen Verlusts aus. Auf Jesses Stelle als Assistenzkoch rückt Todd.
Ein von Mike beauftragter Anwalt, der die Geldzahlungen an die Angehörigen der inhaftierten Mitwisser von Gus ehemaligem Drogenkartell über Bankschließfächer durchführt, wird verhaftet. Damit wird der Geldfluss so unterbrochen, dass den Inhaftierten für den Moment keine Anreize mehr gesetzt sind zu schweigen, was für Walter gefährlich werden könnte.
Als der Ermittlungsfokus der DEA sich immer mehr auf Mike konzentriert, entscheidet dieser sich, für immer unterzutauchen. Dies bedeutet zudem, dass er keine weiteren Anstrengungen unternehmen wird, die Inhaftierten auszuzahlen oder anderweitig zum Schweigen zu bringen. Nachdem Mike sich weigert, die Namen der inhaftierten Mitwisser preiszugeben, wird er von Walter erschossen.
Walter erfährt die Namen der betreffenden Inhaftierten schließlich von Lydia und arrangiert deren nahezu gleichzeitige Ermordung. Mit Hilfe von Lydia wird das Methamphetamin über das Unternehmen Madrigal nach Tschechien exportiert. Dabei häuft Walter eine außergewöhnlich große Menge Bargeld an, welche er stets an Skyler weiterreicht, die immer noch für ihn über die Autowaschanlage die Geldwäsche betreibt. Schließlich bekommt Jesse nun doch seinen $5-Mio.-Anteil an dem Methylamin-Raub und Walter steigt endgültig aus dem Drogengeschäft aus.
Monate später lebt die Familie White wieder vereint unter einem Dach. Alles scheint in ruhigen Bahnen zu verlaufen – bis Hank bei einem Besuch auf der Toilette durch Zufall das Buch Leaves of Grass von Walt Whitman mit einer Widmung von Gale Boetticher findet. Hank erkennt nun anhand dieses Indizes, dass Walter Heisenberg sein muss.
Bereits zu Beginn der fünften Staffel wurde in Form einer Vorausschau gezeigt, wie Walter an seinem 52. Geburtstag in einem Diner illegal ein M60 erwirbt.
Teil 2
Hank nimmt die Untersuchung des Falls Fring wieder auf. Es kommt zur Konfrontation zwischen Walter und Hank, die im Patt verbleibt: Weder gelingt es Hank, Walter zur Aufgabe zu bewegen, noch Walter, Hank ruhigzustellen. Hank, der für Walters Schuld nur ein Indiz, aber keinen Beweis oder Zeugen hat, wendet sich daher nun an Skyler. Deren Kooperation mit Walt ist Hank unbekannt; sie verweigert konsequenterweise gegenüber Hank die Aussage. Walter vergräbt derweil sein Geld in der Wüste und notiert sich die Koordinaten des Verstecks getarnt in Form eines Lotterieloses.
Um Hanks Ermittlungen zu beenden und einen „Waffenstillstand“ innerhalb der Familie zu erzwingen, dreht Walter ein Geständnisvideo. Anstelle eines tatsächlichen Geständnisses stellt Walter darin Hank als eigentlichen Kopf (Heisenberg) der Drogenoperation dar und sich selbst als genötigten Handlanger. Einen Datenträger mit diesem Video übergeben Walter und Skyler Hank und Marie an einem neutralen Ort. Hank lässt sich jedoch auch durch diese Drohung nicht von seinem Ziel abbringen, Walter zu Fall zu bringen.
Lydia veranlasst die Ermordung des Drogenbosses Declan und seiner Männer durch Todd und die „Aryan Brotherhood“-Gang dessen Onkels. Diese Gang übernimmt nun die Drogenproduktion; Todd nutzt seine Meth-Koch-Kenntnisse, die er als Walters Gehilfe erworben hat, erreicht aber weder den Reinheitsgrad noch die blaue Farbe.
Der an Depressionen leidende Jesse wirft sein Banknotenvermögen bündelweise aus dem fahrenden Auto in Vorgärten. Nachdem seine Fahrt abseits der Straße geendet hat, wird er in Polizeigewahrsam genommen und verhört. Bei der Vernehmung schweigt Jesse jedoch. Hank nutzt die Gelegenheit, im Einzelgespräch mit Jesse sein Wissen über Walter mitzuteilen und eine Kronzeugenregelung anzubieten, auf die Jesse nicht eingeht. Schließlich erreicht Jesses Anwalt Saul den Vernehmungsraum und nimmt Jesse mit. Jesse will nun untertauchen und mithilfe Sauls Beziehungen ein neues Leben woanders beginnen. Durch Zufall begreift er, dass Walter die Verantwortung für Brocks Vergiftung trägt. Daraufhin versucht er, Walters Haus in Brand zu stecken, wird jedoch von Hank abgehalten.
Hank kann Jesse davon überzeugen, gemeinsam gegen Walter vorzugehen, um dessen Inhaftierung zu erwirken. Jesse soll als Zeuge gegen Walter aussagen und legt gegenüber Hank und Steven Gomez unter Ausschluss der DEA ein Geständnis auf Video ab. Währenddessen zieht Walter mit seiner Familie unter einem Vorwand in ein Hotel und vereinbart telefonisch mit Jesse ein Treffen. Das Treffen unter Aufsicht von Hank und Steven findet nicht statt, da Jesse am Treffpunkt kurz vor der Begegnung mit Walter eine Falle wittert. Jesse ruft daraufhin Walter von einer nahegelegenen Telefonzelle aus an und droht ihm. Walter beauftragt Todds Onkel Jack und seine Gang daraufhin mit dem Mord an Jesse. Als Gegenleistung soll Walter ein letztes Mal Methamphetamin kochen.
Saul Goodmans Handlanger Huell, der Walter beim Sichern des Bargelds geholfen hat, wird von Hank und Steven Gomez mit einem gestellten Foto des angeblich toten Jesse dazu gebracht, Informationen zu Walters Vermögen herauszurücken. Das genaue Versteck kennt jedoch nur Walter. Hank bringt Walter mittels einiger von Huell erhaltenen Informationen dazu, zu dem Versteck zu fahren, und folgt ihm auf dem Weg dorthin. Als Walter am Versteck ankommt und die Finte offensichtlich wird, ruft er verzweifelt Jack zu Hilfe, teilt ihm die notierten Koordinaten mit, bläst die Aktion jedoch gleich wieder ab, als er Hank im Verfolgerauto erkennt. Er sieht keine andere Möglichkeit, als sich zu stellen. Walter lässt sich von Hank verhaften, was dieser telefonisch sofort Marie mitteilt. Jacks Gang taucht dennoch auf, wobei es zu einem Schusswechsel kommt, bei dem Gomez stirbt und Hank angeschossen wird. Walter versucht Jack zu überzeugen, Hank am Leben zu lassen und bietet dafür sein gesamtes Geld an. Jack erschießt Hank dennoch, woraufhin Walter zusammenbricht. Jack vermutet aufgrund von Walters exakten Koordinaten, dass dessen Geld dort vergraben liegt, und lässt dort graben. Eines der sieben Fässer, in dem sich jeweils etwa 11 Millionen US-Dollar in bar befinden, wird Walter überlassen. Dieser entdeckt Jesse unter seinem Auto und verlangt von der Gang, ihn wie vereinbart zu ermorden. Nach Todds Einwand, Jesse könne vor seinem Tod noch wichtige Informationen über den Kenntnisstand der Polizei liefern, wird dieser mit Walters Einverständnis zunächst am Leben gelassen. Todds Rettung von Jesse geschieht nicht uneigennützig, da er ihn anschließend gefangen hält und dazu nutzt, die Qualität der Methamphetamin-Produktion auf das von Lydia geforderte Niveau zu bringen.
Währenddessen berichtet Marie, die Jesses Geständnis kennt, Skyler und Walter Jr. von der vermeintlichen Verhaftung von Walter. Im Austausch gegen Kooperation bietet Marie an, Skyler vor Strafverfolgung zu beschützen. Skyler findet zuhause aber überraschend Walter vor; da dieser sie zum Fliehen bewegen will und Skyler aus der Konstellation auf Hanks Tod schließt, eskaliert die Lage. Dies bekommt auch Walter Junior mit, der nach einem Handgemenge, bei dem Skyler Walter mit einem Küchenmesser verletzt, die Polizei ruft. Walter flieht und entführt dabei die gemeinsame Tochter Holly. Unterwegs ruft
