получиться несколько пар, имеющих одинаковое наименьшее значение 
Для новой вершины
в. Вычислите
Поместите свои ответы в новую версию таблицы расстояний 5.12.
г. Поскольку осталось только 3 таксона, используйте 3-точечные формулы, чтобы поместить
д. Нарисуйте последнее дерево, присоединив
Таблица 5.12. Групповые расстояния для задачи 5.3.2
? ?
.72
Таблица 5.13. Расстояния таксонов для задачи 5.3.3
.3 .4 .5
.5 .4
.7
5.3.3. Рассмотрим данные о расстояниях в таблице 5.13, которые точно соответствуют дереву с рисунка 5.15, при
а. Используйте UPGMA для восстановления дерева на основе этих данных. Применим ли этот метод?
б. Используйте метод присоединения соседей, чтобы восстановить дерево из этих данных. Применим ли этот метод?
5.3.4. Выполните алгоритм присоединения соседей на данных о расстояниях, используемых в примерах из раздела 5.2. Чтобы использовать MATLAB для этого в первом примере, введите массив расстояний D=[0 .45 .27 .53; 0 0 .40 .50; 0 0 0 .62; 0 0 0 0] и названия таксонов Taxa={'S1','S2','S3','S4'}, затем запрограммируйте функцию nj, реализующую построение дерева методом присоединения соседей, чтобы можно было её использовать nj(D,Taxa{:}).
а. Построит ли метод присоединения соседей на примере с 4 таксонами то же самое дерево, что и метод UPGMA?
б. Производит ли метод присоединения соседей на примере с 5 таксонами то же самое дерево, что и FM-алгоритм?
5.3.5. Используйте расстояние Джукса-Кантора и программу построения деревьев методом присоединения соседей из предыдущей задачи для смоделированных данных последовательности ранее сохранённых в seqdata.mat. Сравните полученные результаты с результатами, полученными другими методами в задачах 5.2.9-5.2.12 предыдущего раздела. Как повлияли на результаты молекулярные часы, работающие в симуляции?
а. Данные a1, a2, a3 и a4 смоделируйте в предположении с молекулярными часами
б. Данные b1, b2, b3, b4 и b5 смоделируйте без молекулярных часов.
5.3.6. Сгенерируйте с использованием 2-параметической модели Кимуры последовательности
