Сербии в 1459 году султан Мехмед возвратился в Стамбул, а затем по суше отправился покорять генуэзскую колонию Амастрис (Амасра) на черноморском побережье Малой Азии при поддержке военного флота, посланного из Стамбула. В 1462 году Лесбос капитулировал перед османской осадой, а Мехмед построил укрепления на Дарданеллах, чтобы улучшить защищенность Стамбула. Он выстроил там две крепости, в Чанаккале, ранее известном как Султанхисар («Замок султана»), на малоазийском побережье, и в Килитюльбахре («Замок моря»), напротив первого, на побережье Румелии. Теперь, когда османы надежно контролировали южные подступы к Стамбулу, город был защищен от нападения с моря.
Даже после падения Константинополя оставалось еще несколько осколков Византийской империи. Эти анахроничные образования включали Трапезундскую империю Комнинов, ставшую османским вассалом в 1456 году, и деспотат Морею, совместно управлявшийся Фомой и Димитрием Палеологами. Оставаясь долгое время вассалом османов, деспотат в течение трех лет был не в состоянии выплачивать дань, пока армия султана Мехмеда не завоевала его в 1458 году. Выплата долга в последнюю минуту не смогла отклонить Мехмеда от его цели, и он двинулся на юг. Коринф сдался после трехмесячной осады, и османское управление распространилось на большую часть Пелопоннеса. Деспот Фома без особого энтузиазма попытался вернуть некоторые из своих бывших владений, но оказался втянут в войну со своим братом. В 1460 году Мехмед снова лично повел армию, которая к концу года покорила весь Пелопоннес, за исключением нескольких венецианских колоний. Греческие источники того времени сообщают, что дочь Димитрия Елена вошла в женскую половину семейства султана, его гарем, как и Тамара, дочь Георгия Франдзи, летописца правления Мехмеда.
Трапезунд был морским рынком сбыта для торговли Тебриза, столицы Узун Хасана, энергичного предводителя племенного союза Аккоюнлу, женатого на принцессе из дома Комнинов. Османские усилия подчинить мусульманские эмираты Малой Азии могут показаться несущественными по сравнению с разворачивавшейся в это время борьбой за контроль над восточной Малой Азией. Узун Хасан считал Трапезунд сферой своего влияния и в конце 1460 года отправил в качестве посланника к султану Мехмеду своего племянника, уведомляя, что считает империю своей добычей, и предупреждая султана, чтобы тот не пытался лишать права владения династию Комнинов. Мехмед проигнорировал предупреждение и при поддержке армий своих исламских вассалов Исфендиярогулларов из Кастамону и Караманидов в следующем году двинулся на восток с целью захватить этот последний византийский анклав в Малой Азии, слишком маленький, чтобы называть себя империей. Узун Хасан послал войска остановить его наступление, но в первом противоборстве двух честолюбивых правителей успех не сопутствовал ни одной из сторон.
Земли Комнинов были отрезаны от внутренних районов Малой Азии высокими, суровыми горами. Янычар, служивший в османской армии
