три большие церкви в Фессалониках превратились в мечети, в которых проходили службы для тех, кто принял османское убежище. После многих превратностей судьбы остатки андалузской мусульманской общины были вытеснены с Иберийского полуострова между 1609 и 1614 годом.
Евреям из Испании, называемым сефардами, повезло меньше. Они находились под давлением задолго до начала инквизиции, и многие обратились в католичество. Тем не менее инквизиция не доверяла искренности новообращенных, и многие не выдержали испытания и были убиты. Исповедовавшие иудаизм были высланы из страны в 1492 году и эмигрировали в Португалию, Францию и другие европейские страны. Многие отправились жить в Османскую империю, где присоединились к грекоговорящим евреям, называвшимся романиотами, и немецким евреям, называвшимся ашкенази, также высланными из своих стран. Как сообщают, султан Баязид приветствовал испанских евреев следующим высказыванием: «Можно ли назвать такого короля [т. е. Фердинанда] мудрым и благоразумным? Он обедняет свою страну и делает богаче мою империю». Самая многочисленная волна еврейской иммиграции на османские земли происходила между 1492 и 1512 годом и была вызвана преследованиями, распространившимися в этот период по всей Европе. Баязид хотел, чтобы беженцы сосредоточивались в провинциальных центрах, и вскоре общины сефардов были во многих городах империи. Однако их появление не приветствовалось в Стамбуле, и новые синагоги в столице были закрыты, а известных евреев поощряли к принятию ислама.
Равновесие, установившееся в 1490 году благодаря соглашению, заключенному между Иннокентием VIII и Баязидом по поводу Джема, не продлилось долго. Османский претендент был использован в качестве залога в европейской политике, когда Карл VIII попытался доказать свои притязания на Неаполитанское королевство. В 1492 году Иннокентия сменил Александр VI, и у нового папы была настоятельная необходимость поддерживать соглашение с Баязидом, которому он написал о планах французского короля:
«…король Франции спешит к Риму с несметной сухопутной и морской силой, при поддержке миланцев, бретонцев, португальцев, норманнов и других, чтобы вырвать из наших рук султана Джема, брата Его Величества, и захватить Неаполитанское королевство и занять место короля Альфонсо».
Ответ Баязида папе, посланный в Рим вместе с деньгами на содержание Джема, был перехвачен и предан огласке – документ, изобличающий папу как союзника врага христианского мира. Карл, бывший во Флоренции, двинулся на юг через Италию и подошел к напуганному Риму в последний день 1494 года. Он потребовал, чтобы ему выдали Джема. Папа Александр был вынужден уступить. Джем был надлежащим образом переведен в заключение к Карлу и отправился к Неаполю вместе с королевской армией.
Король Неаполя Альфонсо, преемник короля Ферранте, обратился к Баязиду за помощью. По сведениям венецианского писателя того времени, султан по-настоящему испугался, что Карл может привезти Джема
