Ақтөбе қаласы IX-XII ғғ. жасаған Қарахандар әулетінің бас астанасы болған «Баласағұн шаһары екені дәлелденді. Түріктердің саяси, экономикалық және мәдени орталығы болған тарихи қала Баласағұнның орнын ғалымдардың іздегеніне үш ғасырдан астам уақыт өткен еді. Бұл проблеманы Қазақ университетінің археологтары шешуінің де ерекше маңызы бар.
У.Х. Шәлекеновтің Қазақ ұлттық университетінде ғылыммен және педагогикалық қызметпен айналысып, түрік халықтарының, сондай-ақ қазақ халқының тарихы, археологиясы мен этнологиясы саласында жемісті еңбек етіп келе жатқанына 30 жылға жуықтады. 5 томдық «Қазақ КСР тарихының» 3-томы авторларының бірі болды (Алматы: Ғылым, 1983). Ақтөбедегі археологиялық, зерттеулердің негізінде «Құм басқан қала» монографиясы баспадан шықты (Алматы: Санат, 1992).
Жоғары оқу орындарына арналған «Әлем халықтарының этнографиясы» атты қазақ тіліндегі алғашқы оқулығын жарыққа шығарды (Алматы: Санат, 1994 ж.).
Кейінгі кезде ол түрік халықтарының ертедегі және орта ғасырдағы отырықшы өркениетін, олардың өзара қарым-қатынасы және қазақтардың өз елін қорғаудағы азаттық күресін зерттеуді негізгі ғылыми бағыты ретінде ұстанып келеді. Ұлы Отан соғысынан кейінгі жылдарда археологтар, этнологтар, жалпы тарихшылар, әдебиетшілер жинақтаған бай деректерге негізделген, «Түріктердің отырықшы өркениеті» атты көлемді монографиясы жарық көрді (2002). Бұл жаңа шығармасында автор ғылымда бұрыннан үстем болып келе жатқан «еуроцентризмге» қарсы пікір білдіреді. Автордың пікірі бойынша, Орталық Азияны мекендеген түріктер ертеден отырықшы, жартылай отырықшы және көшпенді өмір сүрген, мәдени өркениеті ертеден қаланған халық. Оларда тұрмысты жүргізудің алдыңғы екі түрі басым болған, солардың арқасында түріктер мәдени өркениетке ерте жеткен.
Профессор У.Х. Шәлекенов бірнеше мәрте халықаралық, Бүкілодақтық (КСРО) және өзіміздің Республикалық ғылыми маслихаттарда келелі де өзекті мәселелер жөнінде баяндамалар жасады. Ол «VII археологиялық және этнографиялық дүниежүзілік конгреске» (Мәскеу, 1964), «Түркологтардың Бүкілодақтық конференциясына» (Алматы, 1976), «Ұлы Жібек жолы», «История и историография национально-освободительных движений во второй половине XIX начале XX вв. в Средней Азии и Казахстане» (Ташкент, 1989) қатысты.
У.Х. Шәлекеновтің жарық көрген ғылыми-педагогикалық еңбектері 200-ден астам. Мұның 20-дан астамы жеке кітап, мақалалар, жинақтар. Ол 20-дан астам аспирант, ғылым докторын дайындады. Профессордың жемісті еңбегі бағаланып, 1984 жылы оған «Қазақстан біліміне еңбек сіңірген қайраткер» құрметті атағы берілді. 1999 жылы әл-Фараби атындағы Ұлттық университеттің «Құрметті кафедра меңгерушісі» атағымен мара- патталды.
Көрнекті ғалым, ұстаз қазір құрметті демалыста болса да университеттегі жұмысынан қол үзген жоқ. Ол студенттерге дәріс бере жүріп, өзінің ғылыми жұмысын жалғастыруда.
