II издал указ «Временные правила об управлении высшими учебными заведениями Министерством народного просвещения». Указ давал определенную автономию университетам, что позволило провести первые в российской истории выборы ректора. 2 сентября Совет университета избрал ректором князя С.Н. Трубецкого. Непрекращавшиеся студенческие волнения срывали учебный процесс, и 22 сентября Трубецкой принял решение закрыть университет. Волнения только усилились. Ректор был вызван в Санкт-Петербург, к министру народного просвещения, – для объяснений. 29 сентября в приемной Министерства народного просвещения у Трубецкого случился апоплексический удар; несколькими часами позже он скончался в больнице.
Университет был для Трубецкого, без преувеличения, храмом науки и цитаделью просвещения. По его замыслу, в эпоху революционных перемен университет выступал своеобразным образцом духовного и социального порядка, который должен был воплотиться в творческой свободе и гражданской ответственности человека и общества. Веря в «эволюцию личности и общества», в «их разумный прогресс», которые «взаимно обусловливают друг друга», Трубецкой считал, что развитие человечества определяется разумной целью. Эта цель состоит в том, что «Великое Существо будущего, истинное земное божество или божественное общество, должно объять все человечество и осуществить царство разума, мира и свободы». К этой цели, он был убежден, идут «народы в общекультурной работе своих государств, в своих войнах, союзах, революциях и реформациях, в своей промышленности, технике, искусствах и науке». Теургическое видение прогресса в духе и разуме философ прилагал к пониманию современной России, отдавая интеллектуальную мощь и всю страсть своей души воплощению этой грандиозной задачи. На этапе формирования политической нации Трубецкой пытался показать альтернативный имперскому бюрократическому традиционализму путь свободного общественного самоуправления, основанного на авторитете знания и профессионализма, на доверии к личности, наделенной правами и свободами, уважающей законность и правопорядок.
В статье с многозначным названием «На рубеже», посвященной памяти ушедшего из жизни выдающегося русского историка и философа права Бориса Николаевича Чичерина, Трубецкой высказал основополагающие для него социально-политические идеи. Написанный в Дрездене в самом начале Русско-японской войны, в феврале 1904 года, текст князя Трубецкого носит программный характер: здесь философ дает свое определение исторических задач России, обретающей подлинное величие только в свободе. Перед лицом громадной опасности – восточного вызова, вновь до всемирно-исторического значения поднимающего вопрос противостояния Азии и Европы, – Трубецкой находит единственный путь выживания России. Чтобы спасти европейскую и христианскую культуру, носительницей которой, по мысли Трубецкого, является Россия, «она должна будет собрать и развить все свои духовные и материальные
