Русской миссии была тесно связана с приемом паломников и делегаций. Но при этом школ для местного населения открылось гораздо больше, чем странноприимных домов. Появилось два монастыря, но возникло и два «пединститута» – учительские семинарии, готовившие педагогов для местных школ. Кроме того, было учреждено три больницы. Вот какой формат миссии определил своим служением о. Антонин.
Помимо этого, в миссии шла постоянная научная деятельность. Наукой отец архимандрит занимался лично, подавая пример другим. Он сам инициировал и проводил археологические раскопки, изучал византийские рукописи и писал научные и публицистические статьи. Коллекция созданного им при Русской миссии археологического музея состояла из его собственных находок, а также из огромного количества приобретаемых им предметов. Один английский археолог того времени писал: «…был на русских постройках у человека, который знает о Святой Земле все!» Так воспринимался начальник Русской Духовной Миссии о. Антонин.
В своем служении о. Антонин руководствовался не предписаниями начальства, а своей пастырской совестью. Если он видел, что православные арабы уходят из Православия через католические школы, он создавал православные школы. Если видел, что паломникам на пути от одного места к другому нужен дом, он строил этот дом – а не ожидал, что эта мысль придет в голову какому-либо синодальному или мидовскому чиновнику. Если считал возможным создать монашескую общину, то пытался ее создать. Исходил о. Антонин при этом из чисто практических соображений, а также из своей веры в то, что будущее миссии, Православия и Святой Земли может стать еще ярче. Такой «христианский оптимизм» подвигал его на новые дела, а не просто на сохранение того, что уже достигнуто. Поэтому он и смог многократно приумножить данный ему талант.
Интеллектуальные интересы о. Антонина, как мы уже писали, были очень широки. Он смолоду заинтересовался языками и христианским Востоком, что в условиях русской провинциальной семинарии было не так уж просто. Он свободно говорил по-гречески, по-французски, по-немецки. На Святой Земле, уже будучи немолодым человеком, Капустин выучился арабскому и немного английскому. За годы жизни на Востоке он потрудился как палеограф и археолог, историк и переводчик. Построил несколько храмов. Создал библиотеку и археологический музей при миссии.
Одним из самых «возвышенных» его интересов была астрономия. Ею он занимался беспрестанно: почти каждый свой день в Иерусалиме архимандрит Антонин завершал на крыше миссии, где устроил профессиональную обсерваторию. Многие гости удостаивались чести смотреть вместе с ним на небесные светила. Похоже, это была интеллектуальная мода того времени, которой не пренебрегало и духовенство. Когда о. Антонин заболел на освящении храма ап. Петра и прав. Тавифы в Яффе, он вернулся в Иерусалим, посетил Иерусалимского патриарха в его резиденции в Малой Галилее на Елеоне, там они вместе посмотрели на звезды и расстались. Вскоре после этого о. Антонин умер.
