Общество трудилось рука об руку с Русской миссией, их обязанности обычно распределялись так: миссия занималась духовным окормлением паломников, храмами, монашескими общинами, их обустройством, а о материальной стороне устройства паломничества заботилось Общество. На его попечении были странноприимные дома, больницы, организация транспорта на пути в Святую Землю и обратно, юридические вопросы. Задачи миссии и Общества очень часто пересекались. Так, паломники останавливались не только в гостиницах Общества, но и в монастырях. А храмы, в которых служило духовенство РДМ, иногда строились на участках, принадлежащих Палестинскому Обществу (например, в Гефсимании или на Александровском подворье). Подобное конкурентное сосуществование было чревато конфликтами, но, пока ситуацию контролировали из Петербурга, серьезных противоречий удавалось избегать.
Забота о местном населении – обязательная задача любой миссии. В частности, миссия непременно заботится об образовании местных жителей. Русские школы на Ближнем Востоке в том виде, в каком они были устроены в предреволюционное время, – яркий пример подобной заботы. К началу Первой мировой войны на Ближнем Востоке – в Палестине и Сирии – было более сотни начальных школ для православных арабов и два «педагогических института» – Учительские семинарии. В Назарете находилась семинария для молодых людей, в Бейт-Джале – пригороде Вифлеема – для девушек. Хотя все эти школы и институты были на содержании и в управлении ИППО, начало русской школьной деятельности на Святой Земле связано с Миссией.
Главным ученым изданием Общества был «Православный Палестинский сборник»: за 35 лет деятельности ИППО (вплоть до революции 1917 г.) было издано 63 тома. Там публиковались древние тексты и их переводы (в первую очередь то, что касалось паломничества и истории Святой Земли), научные статьи и целые монографии. Многие ученые, как молодые, так и опытные, благодаря Обществу получали возможность совершить командировку к местам своих исследований. Со временем появились планы создания в Иерусалиме русского академического института. К тому же подобное научное заведение уже существовало в Константинополе – Русский археологический институт. Но это все было уже в преддверии Первой мировой войны.
После смерти архимандрита Антонина (Капустина) в 1894 году последовало почти десять лет «междуцарствия» в Русской Духовной Миссии, сопровождаемого бурным развитием деятельности ИППО. К 1903 г. о. Антонину нашелся достойный преемник. Им стал о. Леонид (Сенцов, 1868–1918), последний начальник РДМ перед революцией.
Будущий архимандрит родился в Рязани в купеческой семье. Окончил Московское высшее техническое училище (в советское время оно станет Баумановским институтом), после чего десять лет проработал инженером на Никольской мануфактуре Морозовых, а потом, минуя семинарию, поступил в Духовную Академию. Хотя семья будущего архимандрита была верующей, предков из духовного сословия у Сенцова не было, так что выбор монашества и священства был
