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Por órdenes del rey de España Felipe III se le encomendó a Vizcaíno en 1599 otra expedición, también fallida, pero esta vez en la costa occidental de la península. Dicha empresa que hubiera podido realizarse en un mes, tardó nueve, pues navegaron en contra del viento favorable del noroeste, dominante en aquellos mares, y se detenían a sondear puertos o a reconocer la costa. El mayor provecho de tan penosa travesía fue el de descubrir las propiedades de una fruta llamada xocohueztli o xocueistle para combatir el escorbuto. Vizcaíno no quitó sin embargo el dedo del renglón y gestionó el permiso para una nueva tentativa de exploración en la península, esta vez financiada por él mismo. Sus argumentos parecían sólidos: más allá de la pesca de perlas o de la explotación de los recursos minerales que, se daba por descontado, existían en aquel lugar, o de evitar que los piratas utilizaran la península para hostilizar "las costas y los navíos españoles", era necesario encontrar ahí un puerto en dónde abastecer a los barcos provenientes de Filipinas tras "tan larga y penosa navegación".
Una vez que el virrey le negó el permiso viajó hasta España para insistir ante las cortes sobre la pertinencia de obtener la autorización que, de nuevo, fue rechazada. Entonces, según Clavijero, "volvió a México con el propósito de pasar tranquilamente el resto de sus días" pero, apenas había regresado, cuando llegó la orden del rey, intempestiva, de "que se buscase y poblase en la California un cómodo puerto que sirviese de escala a los navíos de Filipinas". La muerte, sin embargo, sorprendió a Vizcaíno cuando realizaba los preparativos para el viaje.18
De entre muchos otros intentos infructuosos realizados en el siglo XVII destaca el que realizó, en 1683, el almirante Isidoro Atondo por órdenes directas del rey Carlos II. Esta vez integraron la expedición más de 100 hombres, incluyendo tres jesuitas, uno de ellos Eusebio Francisco Kino. Es cierto que, tres años después y a costa de una inversión de 225 mil pesos por cuenta del real erario, Atondo decidió que no había modo de sobrevivir allí y regresó a la Nueva España. Y también que, tras analizarse el informe del almirante, se llegó a la conclusión de que aquel territorio era "inconquistable" por los medios hasta entonces empleados. Sin embargo, en ese tiempo los misioneros hicieron avances en el aprendizaje de una de las lenguas que hablaban los habitantes de la península, el cochimí, y en consecuencia, en la enseñanza del catecismo entre ellos, llegando a sumar alrededor de "cuatrocientos catecúmenos dispuestos para recibir el bautismo", según Clavijero. Al respecto abundó:
Los misioneros estaban muy contentos con la docilidad de los indios y su buena disposición para el cristianismo; pero el almirante no lo estaba con un país en que no le era tan fácil mantener la población y en que los soldados le hacían ver las molestias que les ocasionaban la esterilidad de la tierra y la intemperie del aire.19
Por ello, en repetidas ocasiones se le pidió al superior de la Compañía de Jesús que se encargara de la conversión de la población con el apoyo financiero de la Corona y aunque en igual número de veces éste respondió negativamente, el padre Kino se encargó de promover entre sus correligionarios la causa de la conversión de los californios. Juan María de Salvatierra, visitador general de las misiones, abrazó dicha causa y durante una década hizo gestiones, incluso ante el rey, para que se le autorizara realizar tal empresa. Al fin, en 1696, la Audiencia de Nueva Galicia consintió secundarlo y Salvatierra recibió a su vez la autorización de la Compañía de recolectar limosnas con objeto de sufragar los gastos. El virrey dio su permiso con dos condiciones: que nada se le pidiese para los gastos y que los misioneros tomaran posesión de la península en nombre del rey. Fue entonces que, además de permitirles llevar soldados que se hicieran cargo de su seguridad, se les asignaron funciones como las de "nombrar el capitán y gobernador para la administración de la justicia y licenciar a cualquier oficial o soldado siempre que lo creyesen necesario".
En octubre de 1697 partió Salvatierra en compañía de tres indígenas, un cabo y cinco solados, llegando a tierra el 19 de aquel mes y estableciéndose días después en un lugar al que bautizarían como Loreto, nombre que recibió también en honor de esa virgen la primera misión que establecieron los jesuitas en su estancia de 70 años en la península, tiempo en el que varios de ellos escribieron testimonios puntuales sobre lo que ahí vieron y encontraron, consignando el clima, la geografía, la historia natural, características y costumbres de sus habitantes, las lenguas que hablaban y sus creencias religiosas, etcétera. No obstante, pasó mucho tiempo antes de que tuvieran indicios suficientes de que, en palabras de Clavijero "aquella vasta península estuvo antes habitada por gentes menos bárbaras de las que hallaron en ella los españoles".20 Y es que, de acuerdo con el relato de Miguel del Barco, poco antes de su salida de California, "comenzó a correr la noticia de que antiguamente hubo gigantes en esta tierra", aunque "no nativos de ella, sino venidos de la parte del norte".21 Esta versión tuvo su origen en Joseph Rothea, misionero por 19 años, en ese entonces encargado de la misión de San Ignacio, quien supo por un niño que no muy lejos de ahí, en una ranchería llamada San Joaquín, "se hallaban rastros de esa antigüedad extraordinaria", consistentes en varios huesos de un cuerpo humano, entre los cuales había fragmentos de un cráneo, dientes, costillas y vértebras. Tras recoger algunos de estos hallazgos y ya de vuelta en la misión comparó las vértebras, que eran los restos en mejor estado, con los de otros esqueletos y resultó que eran al menos de un tamaño tres veces superior.
El propio Rothea supo de la existencia de pintura rupestre en algunas cuevas de la zona y se dio a la tarea de inspeccionarlas. Una en particular llamó su atención por sus dimensiones, por lo bien conservadas que estaban las pinturas y por lo que en ellas vio dibujado. Así lo describió:
Ésta tendría de largo como diez o doce varas, y de hondo unas seis varas: abierta de suerte que toda era puerta por un lado. Su altura (según me acuerdo), pasaba de seis varas. Su figura como de medio cañón de bóveda, que estriba sobre el mismo pavimento. De arriba hasta abajo toda estaba pintada con varias figuras de hombres, mujeres y animales. Los hombres tenían un cotón con mangas: sobre éste un gabán, y sus calzones; pero descalzos. Tenían las manos abiertas y algo levantadas en cruz. Entre las mujeres estaba una con el cabello suelto, su plumaje en la cabeza, y el vestido de las mexicanas, llamado güipil. Las de los animales representaban ya a los conocidos en el país, como venados, liebres, etcétera, ya otros allí incógnitos, como un lobo y un puerco. Los colores eran […] verde, negro, amarillo y encarnado. Se me hizo notable en ellos su consistencia; pues estando sobre la desnuda peña a las inclemencias del sol y agua, que sin duda los golpea al llover, con viento recio o la que destilan por las mismas peñas de lo alto del cerro, con todo eso, después de tanto tiempo, se conservan bien perceptibles.22
Estos hallazgos lo llevaron a tratar de averiguar qué sabían los indígenas de las pinturas y su origen, así que reunió a los más ancianos para interrogarlos y pidió a los padres de las misiones de Guadalupe y Santa Rosalía que hicieran lo mismo.
Todos convinieron en la sustancia, es a saber que de padres a hijos había llegado a su noticia, que, en tiempos muy antiguos, habían venido del norte porción de hombres y mujeres de extraordinaria estatura, venían huyendo unos de otros. Parte de ellos tiró por la costa del mar del sur […] La otra parte tiró por lo áspero de la sierra, y ellos son los autores (decían), de dichas pinturas. A la verdad las que yo vi, lo convencen; porque, tantas, en tanta altura, sin andamios ni otros instrumentos aptos para el efecto, sólo hombres gigantes las pueden haber pintado.23
No sin cierto humor, Barco agregó que "la fama, mientras más se dilata, más aumenta las cosas", de modo que la
