был хиротонисан во епископа Тихвинского, викария Новгородской епархии, в январе 1920 г. арестован ЧК, вскоре освобожден под поручительство, но 1 ноября 1920 г. приговорен Новгородским губревтрибуналом к 5 годам лагерей и затем на основании первомайской амнистии освобожден от наказания. 12 февраля 1921 г. епископ Алексий снова был приговорен по делу Новгородского Епархиального совета к 3 годам заключения условно. 21 февраля 1921 г. его назначили епископом Ямбургским, 1-м викарием Петроградской епархии. С 31 мая по 24 июня 1922 г. он управлял епархией, а в августе – октябре 1922 г. возглавлял Петроградскую автокефалию. 21 октября 1922 г. Владыка был опять арестован и приговорен к 3 годам ссылки в Казахстан. Он отбывал срок в г. Каркалинске и был освобожден в марте 1926 г. В июне – августе 1926 г. епископ временно управлял Ленинградской епархией, 2 сентября 1926 г. он был назначен управляющим Новгородской епархией с титулом архиепископа Тихвинского, а в конце 1926 г. – архиеп. Хутынского. С 18 мая 1927 г. архиеп. Алексий-член Временного Патриаршего Священного Синода. 18 мая 1932 г. он был возведен в сан митрополита с титулом Старорусский, с 11 августа 1933 г. служил митр. Новгородским, с 5 октября 1933 г. – митр. Ленинградским.
К началу Великой Отечественной войны отношения между государством и религиозными организациями в СССР были далеки от нормальных. Особенно жестокие антицерковные гонения осуществлялись в 1930-е гг., правда, к 1940-м гг. сталинское окружение, в основном под влиянием внешнеполитических обстоятельств, уже отказалось от запланированного полного уничтожения Православной Церкви в стране. Однако ее положение оставалось трагичным – множество запретов опутывало со всех сторон, сотни священников томились в тюрьмах и лагерях. Так, в одной из крупнейших епархий страны-Ленинградской к лету 1941 г. уцелел лишь 21 православный храм, отсутствовали монастыри, духовные учебные заведения и т. п. На всей территории Российской Федерации (не учитывая Прибалтику, Украину, Белоруссию и Молдавию) к этому времени имелось лишь два правящих архиерея: возглавлявший Московскую Патриархию Патриарший Местоблюститель Сергий (Страгородский) и митрополит Ленинградский Алексий.
Начавшаяся 22 июня 1941 г. война коренным образом изменила весь привычный уклад жизни в стране. Не могло не измениться и положение Церкви, отношение к ней советского государства. Уже первые слова обращения И. Сталина к народу 3 июля 1941 г.: «Дорогие соотечественники! Братья и сестры!» были подсказаны не марксистско-ленинской идеологией, а скорее церковной проповедью. Реальная действительность заставляла Сталина, руководство ВКП(б) начать пересмотр своей религиозной политики, перейти к диалогу во имя единства верующих и атеистов в борьбе с общим врагом России.
Впрочем, первоначально изменения были небольшие. Архиереям Русской Церкви, в том числе митрополиту Алексию не препятствовали распространять свои патриотические воззвания, хотя это и являлось нарушением закона. Полностью прекратилась антирелигиозная пропаганда, была свернута деятельность «Союза воинствующих безбожников»,
