1140 die Pfalzgrafschaft bei Rhein und somit eine der wichtigsten Positionen im Reich überhaupt. Nach dem Tod Leopolds IV. wurde Heinrich Jasomirgott schließlich zum Herzog von Bayern erhoben. Außerdem vermählte ihn der König 1146 mit der byzantinischen Prinzessin Theodora Komnena, immerhin einer Nichte Kaiser Manuels. Die beiden Babenberger Otto und Konrad erhielten zudem bedeutende geistliche Ämter. Während Konrad 1148 zum Bischof von Passau geweiht wurde, war der wohl bedeutendere Otto bereits seit 10 Jahren Bischof von Freising, wo er eine rege Tätigkeit als Geschichtsschreiber entfaltete und viele Werke produzierte, die heute noch als wichtige historische Quellen angesehen werden.
Die Königsherrschaft des ersten Staufers auf dem Königsthron konnte in den deutschen Territorien regional unterschiedlich stark durchgesetzt werden. Während er sicherlich am Rhein und in Ostfranken als Kernregionen sehr stark war, blieb Sachsen wie später noch so oft in der staufischen Geschichte ziemlich königsfern. Konrad III. konnte während seiner gesamten Herrschaft hier nicht Fuß fassen. Würzburg, Nürnberg, Regensburg, Frankfurt, Speyer und Bamberg wurden die wichtigsten Stützpunkte des Staufers, die der König während seiner Herrschaft immer wieder aufsuchte. In Konrads engstem Umkreis befanden sich einige wenige Fürsten, denen er auch sein Vertrauen schenkte. Dazu gehörten der Erzbischof von Köln, die Bischöfe von Würzburg und Worms, die Babenberger Heinrich Jasomirgott und Otto von Freising, der Königsbruder Friedrich und Albrecht der Bär. Bei seiner Verwaltung setzte der Staufer auf verschiedene Ministerialiengeschlechter, wobei der Ministeriale Arnold von Selenhofen schließlich auch zum Reichskanzler ernannt wurde.
Das Verhältnis zur Kirche des als »Pfaffenkönig« übel beleumdeten Staufers wurde immer wieder kritisch betrachtet und dokumentiert. Konrad III. fühlte sich dem Wormser Konkordat von 1122 verpflichtet und trachtete danach, zu den zu seiner Zeit oft wechselnden Päpsten immer gute Beziehungen zu haben. Er unternahm auch im Gegensatz zu seinem Vorgänger Lothar keinen Versuch, die königlichen Rechte bezüglich der Reichskirche wieder zurückzugewinnen. Da er natürlich Interesse daran hatte, dass bei der Neubesetzung der Bischofssitze ihm genehme Kandidaten zum Zug kamen, versuchte er, Einfluss über die Wahlgremien und Domkapitel zu nehmen, indem er dort auch seine Gefolgsleute unterbrachte. Damit verstieß er nicht gegen die Bestimmungen des Konkordats, konnte aber dennoch einen gewissen Einfluss ausüben. Konrad III. soll sich auch als gleichrangig mit dem Papst betrachtet haben. In der Verwaltung und Diplomatie setzte der Staufer oft auf Geistliche und übergab einigen davon auch politische Ämter in Italien. Konrad III. förderte die Kirche ebenso durch die Übertragung von Reichsbesitzungen und königlichen Schutzurkunden. Diese freundschaftliche und von manchen auch als »unterwürfig« gesehene Politik gegenüber der Kirche führte zu mancher Kritik an dem ersten Stauferkönig.
Durch die Belehnung des jungen Welfen Heinrich, des späteren »Löwen«, mit dem Herzogtum Sachsen, wich Konrad III. aus pragmatischen Gründen davon ab, freigewordene Ämter und Würden durch seine nächsten Verwandten zu besetzen. Daneben benutzte er auch das Mittel der Verschwägerung. So wurde eine seiner Halbschwestern durch Heirat Herzogin von Böhmen, auch der byzantinische Kaiser Manuel heiratete eine Schwester der Königin, und seinen Sohn Heinrich verlobte er mit einer der Töchter des ungarischen Königs Bela. Doch auch diese Maßnahmen konnten den allgemeinen Frieden nicht garantieren. So sah sich Konrad III. genötigt, im Jahre 1142 einen Kriegszug gegen die Böhmen zu unternehmen, da diese seinen Schwager Herzog Wladislaw vertrieben hatten. Dieses Unternehmen verlief erfolgreich, und der Staufer konnte seinen Schwager in recht kurzer Zeit wieder restituieren.
Schon im Hinblick auf die Bedrohung seiner Herrschaft durch die mächtigen Welfen sah sich Konrad III. bemüht, seine Position im Reich durch eine gut organisierte Familienpolitik zu verstärken. Seine eigene Machtbasis schien ihm nicht stark genug, da er neben seinem Eigengut in Schwaben und Franken nur das Elsass und Schwaben im Besitz seines Bruders, sowie das Krongut als Rückhalt vorzuweisen hatte. Deshalb verheiratete der Staufer 1139 seine Nichte Judith mit Herzog Matthäus I. von Oberlothringen. Außerdem vergab er im gleichen Jahr das Herzogtum Niederlothringen an Gottfried II. von Löwen, der den Staufern ebenfalls durch Heirat verbunden war. Konrads Halbbruder, der Babenberger Heinrich, erhielt zudem 1140 die Pfalzgrafschaft bei Rhein, die später Graf Hermann von Stahleck übergeben wurde, nachdem Heinrich im Oktober 1141 die Markgrafschaft Österreich geerbt hatte. Überhaupt erwies sich die Verwandtschaft mit den Babenbergern als nützlich, da mittels kluger Heiratspolitik engere Bindungen zu Polen und Böhmen erreicht werden konnten. Diese hielten die gefürchteten Welfen zusätzlich in Schach.
Der Reichstag von Frankfurt im Mai 1142 brachte Heinrich dem Löwen das Herzogtum Sachsen gegen den Verzicht auf Bayern. Dieser scheinbar dauerhafte Ausgleich mit den Welfen wurde durch die Verheiratung der Herzogswitwe Gertrud mit dem Babenberger Heinrich besiegelt. Der Babenberger erhielt dann auch im Januar 1143 die Belehnung mit Bayern. Doch schon bald zeigte sich, dass mit den Welfen nicht so leicht Frieden zu schließen war. Gertrud starb schon nach einigen Monaten und Welf VI. wollte den Verzicht seines Neffen Heinrich des Löwen auf Bayern nicht anerkennen. Welf verbündete sich deshalb mit König Roger II. von Sizilien und dem ungarischen König Geza II. Konrad III. war deshalb an besseren Beziehungen zu den Byzantinern gelegen, die die Normannen in Sizilien in Schach halten konnten. Der Staufer leitete deshalb die Verheiratung seiner Schwägerin Bertha von Sulzbach mit Manuel I. Komnenos in die Wege, welche dann aber erst 1146 erfolgte.
Überhaupt entwickelte Konrad III. seit 1142 vielseitige außenpolitische Bestrebungen, die mehr oder weniger glücklich verliefen. Dabei hatte er natürlich die ganze Zeit seinen erhofften Romzug im Auge, um auch noch die Kaiserwürde zu erlangen. Doch die Lage in Deutschland wollte sich einfach nicht wirklich beruhigen, und in Rom kam es zu Auseinandersetzungen zwischen großen Teilen der städtischen Bevölkerung und dem Papst. Das schienen keine guten Vorzeichen für einen erfolgreichen Zug des deutschen Königs in die Heilige Stadt. Konrad III. scheute schon vor seiner allfälligen Kaiserkrönung nicht davor zurück, sich als »Augustus« zu bezeichnen.
Von Seiten der Kurie aus gab es ab 1145 verstärkte Bemühungen, den Staufer zu einem Romzug zu motivieren. Immerhin wurde Kaiser Heinrich II. am 4. März 1146 heiliggesprochen, was sicher durch die Anwesenheit Konrads III. mehr Glanz erhalten hätte. Doch der in vielen Dingen recht biedere Staufer bemühte sich vorerst weiterhin, seine und die Macht seiner Familie auszubauen und abzusichern. Er setzte dabei besonders auf die ihm wohlgesonnene Reichskirche, die aufstrebenden Städte und die Reichsministerialen. Es gab zu jener Zeit einen bedeutenden inneren Landesausbau, die Rodung großer Gebiete und auch einige für Konrad III. günstige Gelegenheiten zur Installierung neuer Würdenträger. Andererseits misslangen Unternehmungen, wie das Eingreifen des Königs in die inneren Wirren in Polen im Sommer 1146, was mit einer schweren diplomatischen Niederlage endete.
Konrad III. ergriff nach dem Tod des Herzogs Boleslaw III. Partei in einem polnischen Erbteilungsstreit, da der dabei als Großherzog vorgesehene, aber vertriebene Wladislaw mit einer seiner Halbschwestern verheiratet war. Der deutsche König beschloss nun, diesem Wladislaw bei der Durchsetzung seiner Ansprüche zu helfen. Als Konrad III. mit seinem Heer in Polen einmarschierte, musste er rasch feststellen, dass er seine Gegner unterschätzt hatte. Unter Vermeidung einer offenen Feldschlacht bereiteten ihm die Polen jede Menge Schwierigkeiten und unterbanden den deutschen Nachschub. Da seine Männer hungerten und nicht in bester Stimmung waren, schien ein möglichst ehrenvoller Rückzug angemessen. Es gab in der Folge Verhandlungen, bei denen Konrad III. nicht die beste Figur machte und sich mit der Zusicherung des Erscheinens des von ihm abgelehnten polnischen Herzogs Boleslaw IV. am nächsten deutschen Hoftag und der Stellung einer Geisel vorerst zufriedenstellen ließ, ehe er abmarschierte. Doch wie wohl nicht anders zu erwarten, erschien der abtrünnige Pole nicht am Hoftag, und Konrad III. blieb auf seiner Geisel und seinem Schwager Wladislaw sitzen, dem er nun auch ein standesgemäßes Asyl gewähren musste. Das polnische Problem konnte nie gelöst werden, da sich der Stauferkönig nun mit einem ganz anderen auseinandersetzen musste und eine ungleich schwerere Niederlage auf ihn wartete.
Inzwischen war es für die Streiter Christi im von ihnen besetzten Heiligen Land alles andere als gut verlaufen. Als die Grafschaft Edessa wieder an die Krieger Allahs fiel, erging ein Aufruf zu einem neuen Kreuzzug.
