Иоанникий совершил по послушанию, против своей воли, с большой скорбью покидая пустынное житие. Но противиться благословению старца Арсения он не смел. «Тебе подобает устроить русскую обитель, и тобою она прославится», – эти слова старца словно подтвердили давнее пророчество, услышанное Иоанном еще в юности от воронежского юродивого: «Ты, брат мой Иоанн, придешь на Афон да свой улей пчел заведешь и будешь рои распускать». В сентябре 1840 года о. Иоанникий перешел на жительство в Русик. Через месяц в день памяти святителя Митрофания Воронежского был рукоположен в иеромонаха и тогда же назначен и благословлен быть общим духовником русской братии Свято-Пантелеимонова монастыря. Через год о. Иоанникий принял великую схиму с именем Иероним и стал усердным помощником игумену Герасиму в управлении монастырскими делами. О. Иероним прожил в Свято-Пантелеимоновом монастыре с 1840 до своей кончины в 1885 году. С его переселением в Русик начинается кипучая деятельность, которая не прекращалась более пятидесяти лет – это период быстрого роста, устроения и процветания монастыря. Постройка новых и обновление старых зданий внутри и за пределами монастыря. Приезд поклонников, пополнение братии, посылка сборщиков за милостыней в Россию. Установление постоянных связей с Россией через подворья Свято-Пантелеимонова монастыря в Москве и других городах, организация книжно-издательской деятельности. Упорядочение взаимоотношений греческого и русского братств и монастырского общежития в целом. В центре всех внешних и внутренних преобразований мы видим личность о. Иеронима, отмеченную преуспеянием в добродетелях иноческих и высокими душевными дарованиями – светлым умом, сильной волей и деловым опытом.
Первой заботой после перехода русских иноков в Свято-Пантелеимонов монастырь было устройство вместительного храма, где бы они могли молиться на славянском языке. Прежний небольшой храм свт. Митрофания Воронежского в северном корпусе не вмещал увеличившуюся братию, поэтому в январе 1841 года приступили к постройке отдельного Митрофаниевского собора, заложенного еще о. Аникитой. По счастливому совпадению, в том же году было объявлено высочайшее разрешение на сбор милостыни в России, что позволило лишь немного поправить материальное положение и начать выплачивать стотысячный долг, тяжелым бременем лежавший на обители. На протяжении сороковых годов происходило постепенное ее благоустроение. В 1845 году завершена отделка главного Пантелеимоновского собора, остававшегося неоштукатуренным с момента постройки. Расписали собор еще спустя десять лет русские живописцы из келлии Преподобных Печерских во главе с о. Василием. В 1846 году украшена живописью и братская трапезная. В ноябре 1846 года митрополитом Адрианопольским Григорием освящен русский собор свт. Митрофания Воронежского, день памяти святителя с тех пор торжественно празднуется и русской и греческой братией монастыря. В это же время были получены и первые значительные дары из России. На икону великомученика
