mayo de 2000 el ejército israelí se retiró tras la línea territorial determinada por Naciones Unidas.
Nuevamente en 2006 el ejército israelí repelió con dureza los ataques perpetrados por Hizbulá desde el Líbano. Las hostilidades de la llamada «Segunda Guerra del Líbano» o «Guerra de julio» comenzaron el 12 de ese mes, cuando miembros de Hizbulá mataron a varios soldados israelíes y secuestraron a otros en la frontera israelo-libanesa. Desde entonces el ejército israelí contraatacó con fuerza y, a su vez, Hizbulá lanzó más de 4.000 misiles contra blancos civiles israelíes, provocando 44 muertos y cuantiosos daños económicos.
Las muertes de civiles y militares del conflicto en el Líbano cesaron por fin tras adoptarse el 11 de agosto de 2006 la Resolución 1701 del Consejo de Seguridad de la ONU y entrar en vigor tres días después. La resolución pidió a ambas partes el cese de las hostilidades, exigió a Hizbulá la liberación de los soldados secuestrados, resaltó la importancia de que el gobierno libanés controlara todo su territorio y le instó a desplegar sus fuerzas conjuntamente con la UNIFIL (Fuerza Provisional de las Naciones Unidas en el Líbano). A su vez, la Resolución 1701 solicitó negar la venta de armas al Líbano ―excepto con autorización del propio gobierno libanés― y pidió a Israel la entrega de los mapas de minas terrestres en el Líbano que estuvieran en su posesión.
Desde el cese de las hostilidades en 2006 hasta 2013 Hizbulá mantiene su rechazo a Israel y, según numerosos informes internacionales, ha logrado rearmarse lo suficiente como para convertirse de nuevo en un factor de preocupación para el gobierno israelí. Además, la precaria situación política de Siria e Irán, países tradicionalmente soportes de Hizbulá, puede contribuir a desestabilizar un movimiento ya de por sí radical y aumentar las tensiones en la frontera israelo-libanesa.
Años antes, en diciembre de 1987, las difíciles condiciones de vida en los territorios ocupados de Cisjordania y Gaza habían provocado el comienzo de una insurrección popular palestina que se prolongó hasta 1993. La sublevación, que recibió el nombre de Intifada (Levantamiento) y cristalizó en huelgas, protestas, resistencia a pagar impuestos y otras formas de rebeldía contó con el apoyo masivo de la población. Utilizando piedras como armas arrojadizas y aprovechando cualquier oportunidad, los jóvenes palestinos se lanzaron al ataque de las tropas israelíes de ocupación.
Según el profesor francés Gilles Kepel, especialista en el mundo musulmán, la primera característica de la Intifada fue precisamente «la emergencia de la juventud como figura política autónoma, [...] que ninguno de los dirigentes palestinos de cualquier tendencia supo prever». A falta de ejército regular, las piedras fueron los medios para rechazar la ocupación militar de una potencia extranjera y los asentamientos israelíes en sus tierras. La represión israelí produjo graves violaciones de los derechos humanos, contándose por centenares las víctimas palestinas y por decenas los muertos israelíes.
Las consecuencias de la primera Intifada fueron enormes. El sufrimiento palestino atrajo la compasión y simpatía de la opinión pública mundial, incluyendo la conmiseración de judíos del mundo entero, y la situación se hizo insostenible. La propia OLP, sorprendida por el levantamiento popular, trató de controlar la insurrección para evitar su radicalización por grupos integristas. Su deseo condujo a la celebración en Argel de una histórica reunión del Consejo Nacional Palestino (el parlamento en el exilio) que, en noviembre de 1988, hizo públicos dos documentos fundamentales.
En el primero expresó mediante un «Comunicado Político» su decisión de solucionar el problema palestino en el marco de la Carta Nacional Palestina y de las resoluciones de Naciones Unidas. Ello suponía de hecho, aunque no se especificara, aceptar por vez primera el derecho a existir de Israel y renunciar al terrorismo, condiciones exigidas por Estados Unidos para reconocer a la OLP. El «Comunicado» convirtió en caduca la Carta Nacional Palestina, hasta entonces en vigor. El segundo documento, una «Declaración de independencia del estado de Palestina», anunció la creación de dicho estado con capital en Jerusalén y en conformidad, entre otras, con la Resolución 181 (II) de la Asamblea General, de 1947.
Admitido de hecho por la OLP el derecho de Israel a existir, el estado judío se vio en la obligación de presentar un plan de paz. La organización dirigida por Arafat había demostrado que, al menos en teoría, podía compatibilizar el derecho del pueblo palestino a la autodeterminación con el del pueblo judío a la suya, así como con el derecho de Israel a su seguridad. La respuesta israelí se plasmó en el llamado «Plan Shamir» (mayo de 1989), que presentó una propuesta de paz basada en los Acuerdos de Camp David. Dicho plan reiteró el deseo israelí de terminar la guerra con los países árabes y expresó la necesidad de ayuda económica internacional para los Territorios Ocupados, a la vez que hizo un llamamiento a la solución del problema palestino, que sería negociada con representantes libremente elegidos por los habitantes palestinos de Cisjordania y Gaza.
En 1991 parecieron darse buenas condiciones para avanzar en la solución del conflicto. Varios países árabes habían participado en la coalición formada para liberar a Kuwait de la invasión de Iraq, que sí apoyó la OLP. La ruptura de la unidad árabe contribuyó sin embargo a la moderación de algunos de estos estados. Además, la desaparición del sistema de bloques ―que eliminó la obsesiva rivalidad soviético-americana― favoreció el clima adecuado para abordar con profundidad los problemas de Oriente Próximo. El lugar elegido para hacerlo fue Madrid, como indicaba la invitación dirigida a los participantes en la Conferencia:
«Tras amplias consultas con los estados árabes, Israel y los palestinos, Estados Unidos y la Unión Soviética creen que existe una oportunidad histórica para hacer avanzar las perspectivas para una genuina paz en toda la región. Estados Unidos y la Unión Soviética están dispuestos a ayudar a las partes a conseguir un acuerdo justo, amplio y duradero mediante negociaciones directas en dos ámbitos, entre Israel y los estados árabes y entre Israel y los palestinos, basadas en las resoluciones 242 y 338 del Consejo de Seguridad de la ONU. El objetivo de este proceso es una auténtica paz. A este fin, el presidente de EE.UU. y el presidente de la URSS le invitan a una conferencia de paz, bajo el patrocinio de ambos países, seguida de forma inmediata de negociaciones directas. La conferencia se reunirá en Madrid el 30 de octubre de 1991.»
Las partes invitadas respondieron afirmativamente a la propuesta soviético-americana y la Conferencia de Paz sobre Oriente Próximo de Madrid se prolongó del 30 de octubre al 3 de noviembre de 1991. Reunir en torno a una mesa a árabes e israelíes y conseguir la continuación del diálogo fueron los mayores logros de esta histórica reunión. Además del desarrollo de negociaciones multilaterales sobre asuntos de interés común (refugiados, seguridad, limitación de armamento, medio ambiente, agua, desarrollo económico), Israel vio cumplido su deseo de conversar directamente con los representantes de cada uno de los estados árabes vecinos (Jordania, Siria y Líbano) y con los palestinos, integrados en una delegación con los jordanos.
Aunque a mediados de 1993 las negociaciones bilaterales parecieron estancarse, en las conversaciones secretas mantenidas en Oslo por Israel y la OLP se alcanzó un consenso que se hizo público en agosto de ese año. En virtud de los Acuerdos de Oslo de 10 de septiembre de 1993 Israel y la OLP intercambiaron notas de reconocimiento mutuo, el primero aceptando a la OLP como representante del pueblo palestino y esta admitiendo el derecho de Israel a existir.
El 13 de ese mismo mes de septiembre los representantes de Israel y de la OLP firmaron en Washington una «Declaración de principios», seguida de un apretón de manos entre Isaac Rabin, primer ministro de Israel, y Yasser Arafat, presidente de la OLP. El texto de la Declaración, inspirado en las resoluciones 242 (1967) y 338 (1973) del Consejo de Seguridad de Naciones Unidas, estableció el objetivo de instaurar durante no más de 5 años un gobierno autónomo provisional palestino elegido por los habitantes de Cisjordania y Gaza como primer paso para la solución global del conflicto. En ese periodo se iniciarían conversaciones sobre el estatuto permanente en las que se abordarían asuntos de interés común (refugiados, seguridad, Jerusalén, agua,
