kuningas ametisse magister Johannes Robertus von Gelderni, kes oli (hiljemalt) 1561. aastast peale olnud Tallinna linna superintendent. Ent sellega Rootsi poliitilised edusammud piiskopivõimu edendamisel ka piirdusid. Ajavahemikul 1561–1617 polnud Eestimaal seoses lakkamatult valitseva sõjaseisukorraga Rootsi, Moskva suurvürstiriigi ja Poola-Leedu vahel mahti mõelda kirikuelu korrastamisele. Rootsi valitsus arendas sel ajal küll mõningaid plaane ja tegevusi, ent konkreetsed abinõud sai tarvitusele võtta alles pärast Stolbovo rahulepingut (1617). 1627. aastal saatis Gustav II Adolf Västeråsi piiskopi Johannes Rudbeckiuse Eestimaa kirikuolusid inspekteerima. Viimane kohtles provintsi episkopaalse isevalitsejalikkusega, nagu Rootsis tavaks – ning seda täielikus kooskõlas kuninga kavatsustega – , kuid äratas sellega Eestimaa rüütelkonna ja Tallinna linna pahameele, sest Eestimaa kirikute visitatsioon Rootsi episkopaadi esindaja poolt tähendas Eestimaa seisuste silmis rüütelkonna ja linna patronaažiõiguse eiramist. Rudbeckiuse põhjustatud lahkhelide tõttu rüütelkonna ja riigivalitsuse vahel jäigi kirikukorra kehtestamine, piiskopkonna ja keskse kirikuvalitsusasutuse rajamine Eestimaale pikaks ajaks vaid kavatsuseks. Esialgu suutis Rudbeckius läbi suruda vaid niipalju, et kirikukümnis, mis eelnevatel aastatel oli voolanud rüütelkonna taskutesse, jõudis jälle kiriku ja tema asutuste kätte (kirikuvalitsus, pastorid, kirikud, koolid). Lisaks loodi kümnise toel terve rida kiriklikke ameteid Rootsi kirikukorra eeskujul (kirikuvanem, kirikuteener, – revidendid jt).
Rudbeckiuse reformide sihiks olnud institutsioonide asutamiseni jõuti alles 1638. aastal, mil kuningas määras ametisse Eestimaa piiskopi. Piiskopile allutati provintsiaalkonsistoorium. Viimase koosseisu kuulusid Toompea vaimulikud, toomkooli rektor ja teoloogiarektor ja erakorraliste liikmetena praostid. Kord aastas tulid Eestimaa pastorid Tallinna kokku nõupidamiseks. Keegi ei võinud pastoriks saada enne, kui tal oli selge Melanchthoni „Loci communes” ja eesti keel. Need eeskirjad nagu ka kõik muud kirikudistsipliini heaks tarvitusele võetud abinõud olid koostatud Västeråsi, niisiis Rudbeckiuse enda piiskopkonna kirikukorra (constitutiones ecclesiasticae) eeskujul ja juhatasid nii Rootsis kui ka Eestis sisse luterliku ortodoksia ajastu.
Aadel ja linn, kes õigustatult kahtlustasid episkopaalse võimustruktuuri sissetungi oma eelmistelt põlvedelt päritud patronaažiõigustesse, keeldusid esiotsa Rudbeckiuse nõudeid täitmast. Alternatiivina Rudbeckiuse episkopaalse reformi projektile tegi Eestimaa rüütelkond ettepaneku luua nn segakonsistoorium (consistorium mixtum), kuhu vaimulike kõrval kuulunuksid ka aadlike esindajad. Ent kuningas lükkas kõik sellekohased kaebused ja alternatiivsed ettepanekud tagasi. Pärast aastatepikkusi vaidlusi krooni ja rüütelkonna vahel kuulutas kuningas Eestimaa hertsogkonna 1641. aastal lõpuks omaette kirikuprovintsiks (ilma kodanikelinna Tallinnata), mis jäi Tallinnas resideeruva piiskopi järelevalve alla. Eestimaa piiskop oli rootslane – vastavalt Rootsi valitsemiskorra (kuningliku põhiseaduse) sättele aastast 1634, mille järgi kõrgemaid riigiameteid võisid pidada vaid rootslased – ja kuningas nimetas ta ametisse. Palka maksid piiskopile Rootsi riik ja Eestimaa rüütelkond enam-vähem võrdsetes osades. Eestimaa seisustel ei olnud lubatud sekkuda piiskopi kiriku- ja koolipoliitikasse. Lisaks sellele ei olnud Eestimaa aadlil enam kohtupidamisõigust vaimulike üle – viimased allutati konsistooriumi jurisdiktsioonile.
See poliitika, mille eesmärk oli Eestimaa aadli ja Tallinna kodanikkonna tagaplaanile surumine ja mis tegi Eestimaa kirikust Rootsi riigikiriku-poliitika sissetungivärava, kestis kuni kuningas Karl XI (1672–1697) valitsusajani ja saavutas oma kõrgpunkti Rootsi kirikuseaduses aastast 1686, mis viidi Eesti kirikutes sisse järk-järgult pärast seaduse saksakeelse tõlke valmimist 1689. aastal. Muudatustes, mis olid vajalikud seaduse kohandamiseks Eestimaa oludega ja mille üle kuningas, Eestimaa aadel ja vaimulikkond ägedalt vaidlesid, ei suudetud üksmeelt saavutada kuni Põhjasõja puhkemiseni (1700). Kui kuningas ja vaimulikud nõudsid endale lihtsalt rohkem võimu, siis Eestimaa aadel ja Tallinna linn kaitsesid oma traditsioonilisi eesõigusi.
Nende küsimuste kõrval, mis puudutasid piiskopiinstitutsiooni ja konsistooriumi, ei tahtnud Rootsi valitsus pikapeale enam leppida ka „püha evangeeliumi õpetuse”, Augsburgi usutunnistuse kasutamisega ühenduslülina Rootsi luterliku kiriku ning Eestimaa provintsiaalkiriku ja Tallinna kiriku vahel. 1667. aastal ilmus „religiooniplakat”, millega kuulutati ka Läänemere provintsides kohustuslikuks otsused, mis langetati nn usutunnistuseriigipäeval Uppsalas 1593. aastal Rootsi riigikiriku ametliku ülemineku kohta luterlusele ja mis kinnitasid veel kord, et välismaalastel, kes peatusid riigis, niisiis ka provintsides, ei olnud usuvabadust, nende lapsed tuli ühegi erandita ristida Augsburgi usutunnistuse järgi ja välismaistel vaimulikel ning õpetajatel oli riigi territooriumil viibimine keelatud.
Need korraldused ei ajanud Tallinna linna ja Rootsi krooni omavahel tülli, küll aga kätkesid endas võimalikku konflikti ius episcopale pärast, niisiis küsimuses, kel oli õigus all-linnas vaimulikke ametisse määrata – kas kuningal või rael. Tallinn oli andnud end Rootsi krooni alla vabatahtlikult ja võis seetõttu oma patroonilt oodata traditsioonide ja linna sisemiste suhetega arvestamist.
Eestimaa piiskopkonna peakirikuks jäi Toomkirik. 1581. aastal langes kirik laastava tulekahju ohvriks ja võttis aega, enne kui see uuesti üles ehitati. 1684. aastal põles toomkirik taas tulekahjus, mis haaras kogu ülalinna. Karl XI heakskiidul viidi kogu maal veel samal aastal läbi korjandus toomkiriku taastamiseks, nii et kirik suudeti juba 1686. aastal uuesti avada. Piiskopi residents asus hiljemalt 17. sajandi algusest toomkiriku surnuaia ja nn kellatorni vahel (praeguse Piiskopi tänava nurgal). 17. sajandi keskpaiku asendati see kahekorruselise hoonega, mis nagu toomkirikki langes 1684. aastal tulekahju ohvriks. 1688. aastal oli vähemasti hoone alumine korrus taas elamiskõlblik. Remonditöid piiskopiresidentsis, samuti toomkirikus ja teistes Toompea kirikuhoonetes juhatas tuntud Tallinna puusepp ja torniehitaja Daniel Bieckel.
Kodanikelinn (all-linn)
Linna privileegide ja õiguste korduva ülekinnitamisega (1561, 1570, 1594, 1607, 1613, 1646, 1675) tunnustas Rootsi kroon all-linna traditsioonilist, hansaaega tagasiulatuvat õigusautonoomiat ja omavalitsust. Linna valitsemiskorra õiguslikuks aluseks jäi Lübecki õigus (alates 1586. aastast redigeeritud kujul). Selle järgi toimis kõrgeima omavalitsusorganina raad (magistraat) – õppinud juristidest ja kaupmeestest koosnev linnavõim ning ühtlasi kodanikekogukonna esimene seisus. Raad oli linnas kõrgeimat kohut mõistev, seadusandev ja valitsev kogu, mis nagu hiliskeskajalgi koosnes neljast bürgermeistrist, kelle hulgas oli nüüd küll vähemalt üks jurist, ning õigusteadusliku haridusega sündikust ja neljateistkümnest eluks ajaks valitud raehärrast, kellest omakorda kaks olid juristid.
Raad värvati kaupmeeste, eriti Suurgildi oldermannide ning vanemate ja nooremate liikmete eestkõnelejate hulgast. Teised kodanikkonna liikmed ei olnud „raekõlblikud”, neil ei olnud õigust olla valitud raeliikmeks. Sündiku valimise eel küsis raad ka Suurgildi ja Kanuti gildi arvamust. Sündik oli magistraadi õigusteadusliku haridusega liige ja ühteaegu linnakantselei direktor. Ta oli ametis kui eriline asjatundja linna privileegide alal ja tema ülesanne oli neid kaitsta.
1687. aastal sai raad tunda Rootsi absolutismi iha provintsi reformida, siis kui Karl XI viis rae tahte vastaselt sisse justiitsbürgermeistri koha – ameti, mis Rootsis oli loodud juba 1636. aastal. Justiitsbürgermeister asus raes kuninga esindajana (commissarius) presideeriva bürgermeistri kõrvale, kes pidi oma õiguspädevusest loobuma. Justiitsbürgermeistrist sai Rootsi krooni poliitilise tahte läbisurumise tööriist linna õigusküsimustes. Sellega, et kuningas pani esimeseks justiitsbürgermeistriks senise raesündiku Heinrich Fonne – Karl XI poolt aadliseisusesse tõstetud Heinrich von Rosencroni nime all –, kasutas kuningavõim küll ära traditsioonilise raeameti, kuid see kujundati ümber Rootsi absolutistliku riigivõimu huvidest lähtuvalt.
Rae ülesanded seisnesid „jumalasõna alalhoidmises ja levitamises, üldise kasu ja hoolekande edendamises meie armsate linnakodanike seas”, s.t linna kui juriidilise isiku esindamises väljaspool linna, ja järelevalves linna rahaasjade, majanduse, õigusemõistmise, sõjaväe, kiriku, hariduse ja hoolekande üle. Rael ei olnud mingit ligipääsu valdkondadele ja isikutele,
