Linnusekohtu kompetentsi kuulusid kõik kriminaal- ja tsiviilasjad Toompeal ning küsimused, mis puudutasid Rootsi krooni omandit Eestimaal. 1661. aastani tuli linnusekohtul menetleda ka aadlike omandiküsimusi Toompeal. Seejärel viidi need siiski rüütelkonna ülemmaakohtu (vt allpool) pädevusse. Kõrgeim apellatsiooniinstants oli Stockholmi õuekohus.
Mõned kuningliku valitsuse institutsioonid ei asunudki ülalinnas, vaid olid hoopis alalinnas. Nii näiteks andis Tallinna raad 1631. aastal Rootsi garnisonile Mihkli kiriku nime all garnisonikirikuks kunagise naistsistertslaste kloostrikiriku. 1638. aastal majutati all-linna Rootsi kuninga postiteenistus. Siiani olid Tallinna postitalitust korraldanud kaupmehed. Alates 1638. aastast kujunes välja korrapärane postiside Stockholmi, Soome, Riia, Narva, Tartu, Pärnu ja Haapsaluga, samuti Eestimaa kubermangus asuvate paikadega, millele Tallinn kujunes keskseks postisõlmpunktiks Eestimaa ja riigi teiste provintside või ka väljaspool riiki asuvate alade vahel. Kuninglik postimäärus 23. detsembrist 1685 kehtestas korra, mille järgi kuningliku perekonna, kuninga nõunike, kolleegiumide, komisjonide ja kuberneride kirjad tuli kohale toimetada tasuta. Sadamas oli tollipunkt Tallinnalt Rootsi kroonile andamite kogumiseks (litsents, sadamatoll, aktsiis), mis töötas Rootsi litsentsihalduri alluvuses.
Tallinn polnud üksnes kuningliku provintsiaalvalitsuse residents, ka Rootsi monarhid ise külastasid linna oma valitsusajal üsna sageli. Esimese kuningliku külaskäigu on linn kirja pannud novembris 1562, mil Soome hertsog Johan peatus läbisõidul lühikest aega Tallinnas. Teist korda viibis Johan, nüüd juba kui Rootsi kuningas Johan III (1568–1592), võimsa Rootsi laevastikuga Tallinnas 1589. aasta augustist oktoobrini, et võtta siin vastu oma poeg, Poola kuningas (1587–1632) Zygmunt (Sigismund III, Rootsi kuningas 1592–1599), ja pidada läbirääkimisi selle üle, kas Tallinna linn peaks kuuluma Rootsile või Poolale. Kui Tallinn oli löönud mesti Johan III venna hertsog Karl IX-ga, ilmus too 9. augustil 1600 suure saatjaskonna, laevastiku ja sõjaväe saatel linna alla ja majutati Tallinna linnusesse. Liivimaa vallutamise järel Poola-Leedu poolt võttis linn Karli uuesti vastu 10. aprillil 1601 ning ta viibis seal sama aasta 19. novembrini. 1614. aastal külastas linna Gustav II Adolf ja võttis osa Rootsi krooniga lähedalt seotud rüütli Fabian Wrangelli pulmadest. Aastal 1624 peatus Tallinnas leskkuninganna, Brandenburgi Maria Eleonora ja külastas armulauapidustusi Niguliste kirikus. 26. oktoobril 1700 saabus Tallinnasse Karl XII seoses Eestimaa kaitsmisega Peeter I sõjaväe rünnakute eest.
Rüütelkond. Nagu juba mainitud, andsid Eestimaa aadlikud 4. juunil 1561 vabatahtlikult truudusevande Rootsi kuningale Erik XIV-le. 1584 ühinesid Harju, Järva ja Viru aadelkond Eestimaa rüütelkonnaks. Samal aastal pisut hiljem liitus Eestimaa rüütelkonnaga ka Läänemaa aadel, kaasa arvatud Hiiumaa oma. Aadlike endi kõrval oli ühtse Eestimaa rüütelkonna loomise peamine eestvedaja mõjukas Rootsi ülemjuhataja ja poliitik Pontus De la Gardie. Ühinemine oli ka Rootsi valitsuse huvides. Sellegipoolest oli rüütelkonna käes (v.a mõned omavalitsusega linnad) edaspidi suur osa poliitilisest võimust Eestimaal. Tavaliselt kinnitas iga troonile asuv Rootsi monarh traditsioonilised maaõiguslikud privileegid ja uuendas neid. Privileegid nägid ette laialdast autonoomiat nii maa valitsemisel kui ka õigusemõistmisel saksa ja eesti soost elanikkonna üle. Need tagasid evangeelse luterliku usu Augsburgi usutunnistuse (1530) raames. Saksa keel oli ametlik keel rüütelkonna institutsioonides ja osaliselt ka Rootsi asehalduskonna ametiasutustes. Lisaks andis Eestimaa rüütelkond kuninga asehalduritele, kuberneridele ja kindralkuberneridele abiks kaks valitsusnõunikku nõuandjatena kohalikes küsimustes.
Eestimaa rüütelkonna peamine poliitiline organ oli maapäev, mida peeti Tallinnas Toompeal, rüütelkonna majas, kuni tulekahju 1684. aastal hävitas peaaegu kõik Toompea majad. Korralised maapäevad kuulutati välja iga kolme aasta tagant ja nende jaoks oli vaja Rootsi provintsiaalvalitsuse nõusolekut. Maapäevast osavõtu õigus ja kohustus oli igal rüütlimõisa omanikul ja kroonumõisa rentnikul (pärast aadlimatriklite sisseseadmist 18. sajandi keskel üksnes immatrikuleeritud aadlil). Maapäevad otsustasid rahaliste küsimuste, ametissemääramiste – põhimõtteliselt kõigi oluliste küsimuste üle, mis puudutasid Eestimaad, sealhulgas ka kirikuelu ja koolikorraldust ning heategevusasutusi.
Maapäeva eestseisja auametis oli rüütelkonna peamees, kes valiti tavaliselt kolmeks aastaks, s.t kuni järgmise korralise maapäeva väljakuulutamiseni, ja kes oli kohustatud maapäevale aru andma. Peamees pidi hoolt kandma selle eest, et järgitaks rüütelkonna seadusi, õigusi ja huve, ta oli rüütelkonnakomitee ja kreisipäeva esimees, kuulus lisaks veel mitmesse komisjoni ja oli kuni 1889. aasta justiitsreformini tegev alammaakohtus ja vaeslastekohtus. Peale selle töötas ta mitmete kubermanguvalitsuse komisjonide ja institutsioonide liikmena.
Rüütelkonna peamehe alluvuses töötas rüütelkonna kantselei. Seal tegutsevad rüütelkonna sekretärid koostasid maapäevade protokolle (Landtagsdiarium) ja protokollisid rüütelkonna kirjavahetust, samuti rüütelkonna jooksvat asjaajamist.
Rüütelkonnakomiteesse kuulusid rüütelkonna peamees, kaksteist maanõunikku ja kaksteist kreisisaadikut. Komitee pidas istungeid maapäeva ajal või selle vaheaegadel, ta vaatas esialgselt läbi maapäeva nõukogule esitatud küsimused, oli vahekohtunik, määras inimesi ametikohtadele, mis olid vabanenud maapäevade vahelisel ajal, ning võis kokku kutsuda ka erakorralisi maapäevi. Kreisisaadikud (igast maakonnast kolm) valiti neljas maakonnas kas maapäeval või erakorralisel kreisipäeval. Nad jäid ametisse oma elu lõpuni. Peale selle oli üks maanõunikest ametis konsistooriumi esimehena, üks Tallinna Rüütli- ja Toomkooli kuratooriumis ja üks ülemkirikueestseisjana ühes neljast maakonnast.
Maapäevade vaheaegadel alaliselt töötav maanõunike kolleegium oli rüütelkonna kõrgeim omavalitsusorgan, kuid ta toimis ka – kas (kindral)kuberneri või siis teda asendava, kõige pikema teenistusajaga maanõuniku eesistumisel – rüütelkonna kõrgeima kohtuna ja Eestimaa ülemmaakohtuna. Eestimaa rüütelkonna õigusemõistmise instantsid jäid küll Rootsi keskvalitsusest puutumata, kuid allusid Stockholmi õuekohtule kui kõrgeimale revisjonikohtule, mis toimis ühtlasi kui forum privilegiatum, toetudes Rootsi aadli õigustele. Kriminaalasjade puhul oli ülemmaakohus pädev esimese instantsina menetlema igat laadi ametikuritegusid, teise instantsina Haapsalu ja Narva magistraadilt ning meeskohtult laekunud edasikaebusi. Tsiiviilasjades kujutas ta endast esimest instantsi vaidlustes kiriku- ja kroonivara üle, rüütelkonna ja üksikute aadlike ning vaimulike vastu esitatud hagides, muuhulgas ka autoriõiguste küsimustes. Tsiviilasjades toimis ülemmaakohus teise instantsina alammaakohtu, meeskohtute (vt allpool) ja Haapsalu ning Narva magistraatide kohtuasjades, talupoegadele oli ülemmaakohus viimaseks instantsiks, aga seda alles vaidlusaluse juhtumi teatava rahalise väärtuse juures.
Alammaakohus, mis oli samuti loodud Rootsi ajal, menetles nõudeid aadlike vastu. Kohtu eesistuja oli rüütelkonna peamees, kaasistujad olid meeskohtunikud ja haagikohtunik. Edasikaebused saadeti ülemmaakohtule.
Juba keskajast tuntud meeskohtunikud püsisid Eestimaal kuni 1889. aasta justiitsreformini, ehkki aja jooksul muutusid nii meeskohtu pädevus, kogemus kui ka koosseis. See oli auamet, kohtunikud valiti rüütelkonna poolt kolmeks aastaks. Õigusteaduslik haridus ei olnud nõutav. Juriidilise kompetentsi puudust leevendati seeläbi, et eluks ajaks ametisse määratud sekretär oli asjatundja õigusküsimustes. Kriminaalasjades oli Tallinna meeskohus protsessikohus ja otsuse täidesaatja Harju maakonnas, tsiviilasjades jäid tema pädevusse kõigi ilmalikust seisusest Harjumaa elanike kohtuasjad, välja arvatud juhtumid, mida menetlesid talupoegade asutused.
Eestimaa piiskopkond. Toompeal resideeruva Eestimaa kirikupea ametikoht ei lähtunud mitte traditsioonist, vaid Erik XIV privileegist Harju-, Viru- ja Järvamaa aadlile aastast 1561. See nõudis, et aadelkond „mitte ainult ei pea kinni pühast evangeeliumi õpetusest, mida neile õpetatakse puhtast südamest, vaid [me – s.t kuningas] tahame ka, et meie ja Tallinna superintendent visiteeriks meie maa pastoraate ja kihelkondi, et mõned nende isiklike võimete pärast kohalt maha võetaks ja teised tublimad asemele pandaks, ja kui see on tarvilik, nimetaksid ja paneksid ametisse tublisid kirikuõpetajaid, pastoreid ja hingekarjaseid, saamatud ja kehvad aga võtaksid kohalt maha
