Баязид покровительствовал зарождавшемуся ордену дервишей Хальвети, у шейхов которого были связи с Узун Хасаном и чье учение имело определенные общие черты с доктриной Сефевидов. Мехмед II, относившийся с подозрением к святым подвижникам из восточных провинций, изгнал влиятельного шейха Хальвети из Стамбула, но, унаследовав отцу, Баязид пригласил одного из наиболее выдающихся учеников шейха поселиться в столице, и орден преуспевал. Собственная склонность Баязида к мистике может отчасти объяснить, почему он старался избегать открытого конфликта со своим новым соседом Сефевидом. Зимой 1504/05 года он написал Исмаилу, порицая его обращение с мусульманами-суннитами и предупреждая его, что добрые отношения смогут развиваться, только если гонения прекратятся. Нападение на территорию Сефевидов в 1505 году сына Баязида Селима вызвало довольно мягкую реакцию Исмаила; обоюдная осторожность Исмаила и Баязида была еще заметна в 1507 году, когда Баязид дал молчаливое согласие на проход Исмаила по османской территории в ходе кампании против эмирата Дулкадир. Как Узун Хасан до него, Исмаил какое-то время поддерживал контакты с Венецией, в надежде заключить договор против османов, но безуспешно; например, в 1508 году он снова предложил союз, Венеция не согласилась на том основании, что должна соблюдать свое мирное соглашение с османами. Постепенно шах Исмаил подчинил своей власти все бывшие территории Аккоюнлу и к 1508 году дошел до Ирака и взял Багдад, бывшую резиденцию халифата.
Нежелание Баязида провоцировать шаха Исмаила расходилось с рвением его сына принца Селима противостоять угрозе со стороны кызылбашей. Селима, третьего из четырех оставшихся в живых сыновей Баязида[15] и много лет принца-правителя провинции Трабзон на обедневших приграничных землях империи, где угроза целостности османских владений, которую представляли собой кызылбаши, была наиболее очевидной, пассивность отца приводила в ярость. Напряжение между отцом и сыном обострилось в 1510 году, султан сделал выговор Селиму за поражение, которое тот нанес армии под командованием брата Исмаила, шедшей походом на сам Трабзон. В том же году в письме к отцу Селим горько жаловался на Трабзон – на его негостеприимство, нехватку продовольствия, скудость земель, выделенных Баязидом для его содержания:
«Поскольку злаки не вызревают в этой провинции и все живут в скудости и нищете, кто бы ни был [принцем-правителем] – слаб и беспомощен. Продукты привозят извне. Так, с тех самых пор как я прибыл сюда, зерно привозили на судах или от тюрко-огузов. У этого места никогда не было много достоинств и ничего не изменилось. У меня даже нет возможности построить свой собственный корабль… невозможно описать картину такой нужды».
Вскоре после этого Селим уехал из провинции ко двору своего сына Сулеймана, будущего Сулеймана Великолепного, который был принцем-правителем в Феодосии, при поддержке этого акта неповиновения своим тестем, крымским ханом Менгли
У султана Баязида было восемь сыновей и семнадцать дочерей. В 1510 году в живых оставались Ахмед, Коркуд, Селим и Шехиншах; Абдулла, Махмуд, Мехмед и Алемшах умерли раньше. –
