состав, понеже братия происходила из людей хотя и религиозных, но привыкших к вольной самостоятельной жизни, и для влияния на таковых требовалось много такта, терпения и внимания. Поэтому начинаются поиски игумена, который бы смог, подобно основателю скита преподобному Паисию, управлять и расширять скит, пользуясь всеобщим вниманием и уважением.
Выбор пал на уединенного отшельника, иеромонаха Паисия, проживавшего на Святой Горе. Он был родом из города Килии в Бессарабии и воспитывался в Кишиневе. С малых лет удалился в монастырь, где через некоторое время в возрасте 17 лет был пострижен в монашество и переведён в архиерейский дом, сначала на должность иподиакона, а затем иеродиакона и иеромонаха. Однако он тяготился жизнью в городе и в 1838 году, уволившись из епархии, поселился на Афоне в пустынной местности Кавсакаливии.
В 1841 году к нему явились посланцы Ильинского скита с просьбой принять место настоятеля и управлять обителью. Трижды отказывался отец Паисий от предложенной ему чести, опасаясь трудностей, но в конце концов согласился и был поставлен настоятелем Ильинского скита. Видя в этом промысел Божий, отец Паисий II переехал в скит и принялся деятельно за его окончательное восстановление. В настоятельство иеромонаха Паисия Второго скит достигает своего расцвета. При нём в первый же год закончена и освящена церковь во имя святителя Митрофана Воронежского чудотворца, заложенная ещё отцом Аникитою. Приведены в порядок монастырские постройки, был построен новый корпус с 15 кельями.
Этот трудолюбивый настоятель в 1850 году закончил большой план своих работ. В течение последующих семи лет он перестроил весь скит. Немало забот было им положено на восстановление внутреннего порядка, отправления церковной службы и улучшения нравственности братии. В результате этого в скором времени между братией воцарились согласие и любовь. Были назначены и поставлены несколько иеродиаконов и иеромонахов для совершения ежедневной службы. В праздники и воскресение служба совершалась в соборе. В 1845 году скит посетил великий князь Константин Николаевич, где и остановился на ночлег, причём скит поразил его «своей малороссийской опрятностью». Посещение великого князя имело благоприятные последствия для скита. С этого времени малоизвестный скит получил бо́льшую известность не столько на Афоне, сколько в России. Начинается приток новой братии, и вскоре снова недоставало помещений для вновь прибывших. На щедрые пожертвования из России Паисий II смог продолжать расширение и восстановление скита.
Уже в 1846 году был построен большой двухэтажный корпус, где были устроены пекарня, кухня, приемные покои для гостей и 18 келий. В 1847 году выстроен ещё один корпус для канцелярии и десять монашеских келий. Была выстроена каменная ограда, ещё один двухэтажный корпус с колокольней вышиною в 23 метра. Заложены две новые церкви во имя святого Николая Чудотворца и Архистратига Михаила, выстроена больничная палата и кельи для дряхлых монахов. Одновременно
