Мария презирала за сватовство к Елизавете, и лорд Дарнли, четырнадцатилетний сын графа Леннокса и леди Маргариты Дуглас. После того как дерзкая попытка Леннокса стать отчимом Марии провалилась, и он в 1544 г. перешел на сторону Генриха VIII, граф Леннокс и леди Дуглас поженились и, не привлекая к себе внимания, жили в Йоркшире.
Двор переполнялся слухами, но венецианский посол, который больше всего опасался брака Марии с доном Карлосом, знал, что сама Мария не хочет замуж. Все это были интриги ее дядей, которые пытались манипулировать племянницей помимо ее воли. Филипп II отверг предложение. Он уже установил прочный союз с Екатериной Медичи своим недавним браком с ее старшей дочерью Елизаветой. Король Испании поддерживал связь с Екатериной самыми разными способами: через своего посла в Париже, через ее письма к его жене, а также с помощью секретной переписки непосредственно с Екатериной, где Мария фигурировала под кодовым именем «дворянин».
Гизы были убеждены, что Филипп в конечном счете обратит на них внимание, посчитав, что Мария может стать ключом к будущей испанской гегемонии на Британских островах, если свяжет себя династическим браком с его семьей. Они жестоко ошибались. Союз Филиппа с Елизаветой пережил удар (с точки зрения испанцев) религиозного соглашения 1559 г.: отношения с Англией остались сердечными. Он знал, что может полагаться на Сесила и его союзника лорда Джеймса, которые помогут сдержать Марию. Екатерина тоже поддерживала Елизавету и Сесила, и на протяжении пятнадцати из следующих двадцати лет их дружеские отношения позволили Сесилу атаковать Гизов, не портя отношений с Екатериной и ее детьми.
Когда истекли сорок дней официального траура, Мария уехала в деревню, в шести милях от Парижа. Этот период уединения она использовала для того, чтобы собраться с мыслями и реорганизовать свою свиту – из королевы Франции она превратилась во вдовствующую королеву. Это была серьезная перемена, планировавшаяся с учетом возвращения в Шотландию, поскольку теперь Мария выбирала новых советников, которые знали страну. Самым влиятельным из ее назначенцев был Анри Клетен, сеньор д’Уазель, бывший лейтенант-генерал ее матери, которого произвели в почетные рыцари, что было эквивалентно званию камергера. Следующим по рангу стоял Жак де ла Бросс, французский посол в Шотландии во время «грубых ухаживаний» Генриха VIII и ставленник Гизов, который сопровождал Марию во Францию в 1548 г.
Назначения, сделанные Марией, подтверждают, что она стремилась вернуться и хотела как можно больше узнать о стране, с которой знакомилась в классной комнате по «Географии» Птолемея. Д’Уазель недавно женился на юной красавице парижанке. У него не было никакого желания жить и работать в Шотландии, но на этом промежуточном этапе он давал Марии ценные советы, поскольку только коренной шотландец мог разобраться в аристократических фракциях, в привычках и характерах отдельных лордов.
Д’Уазель подробно рассказал Марии о мятеже 1559–1560 гг., убеждая, что лорду Джеймсу
