Невдовзі «упертий українець» і «українська амазонка» одружились. Ініціативна і розумна Наталя все більше залучала Вернадського до суспільного життя. Він стає головою Центральної ради об’єднаних земляцтв: на зборах земляцтва бували О. І. Ульянов та його соратники. Дійшло до того, що Вернадському дали на зберігання ящик із пристроєм для виготовлення динаміту. І ось Ульянова арештовують – ящик, який зберігався в мінералогічному кабінеті Вернадського, за спільною згодою утопили в Неві. Батько Наталії Єгорівни Єгор Павлович Старицький був головою одного з судових департаментів Державної думи. Він дуже болюче сприймав усі стадії суду і слідства над терористами. Володимиру Івановичу він пошепки розповідав:
– Уявляєте, три дні цар не показувався, а на четвертий усі були арештовані на місці з бомбами в руках, а інші – вдома. Царю повідомили негайно про все, а він тільки й сказав: «Цього разу Бог нас спас, та чи надовго?»
Настали важкі дні. Вернадського викликає Делянов, тодішній міністр народної освіти, і пропонує негайно подати заяву про відставку. Але тут збунтувалася козацька кров у Єгора Павловича Старицького, який на той час був головою департаменту законів Державної думи. Він зробив Делянову блискавичний візит і з розпашілим лицем почав вимагати пояснень: як могло статись, що Вернадському пропонують відставку без оголошення причин? Позирнувши на портрет імператора, Делянов зробив багатозначний жест. Справу було полагоджено і вирішено надати Вернадському закордонне відрядження. Та вже 1 вересня 1887 року в молодого подружжя Вернадських народжується син Георгій.
Та настав час, і на Варшавський вокзал із валізами і сумками прибули Вернадські, щоб їхати за кордон. Проводжав їх «петербурзький козак» Єгор Павлович Старицький. Після справдешної туристичної поїздки до Італії Вернадські прибули до Мюнхена. Тут молодого вченого зустрів «король кристалографії» Пауль Грот: він відвідував блискучі лекції курсу мікрохімічного аналізу професора Гаусгофера, до його послуг був фізичний кабінет професора Зонке. Саме він розвивав теорію кристалізації, чим особливо цікавився Вернадський. Переповнений враженнями, він пише Наталії Єгорівні: «Я відчуваю, що все більше і більше навчаюсь методики, тобто у мене з’являються руки, потужніше працює думка. Взагалі з головою моєю діється щось дивне, вона легко фантазує, переповнена роботою, як давно не було. Хвилини, коли обдумуєш ті чи інші питання, коли сполуки, відомі уже, нині прагнеш пов’язати з цими даними, знайти спосіб пройнятися будовою речовини, в такі хвилини переживаєш якийсь особливий стан – це справжній екстаз».
У час, коли траплялися хвилини відпочинку, Володимир Вернадський вчитувався у рядки шевченкового «Кобзаря»: «І голову схопивши в руки, дивуєшся, чому не йде апостол правди і науки…» Він відчував неймовірну суголосність із мисленням українського генія поезії, всеохопність його сприйняття світу. Вернадському дуже хотілось поділитися думками з другом.
