Вони жили, за виразом Вернадського, «душа в душу, думка в думку». Наталія Єгорівна допомагала чоловікові у перекладі його статей, бо досконало знала всі основні європейські мови. Супроводжуючи чоловіка в подорожах, вона фотографувала рідкісні зразки порід, окремі мінерали і самородки – все, що містили музеї Європи. В «Описовій мінералогії» та в навчальних курсах Вернадського під багатьма документальними фотографіями стоїть ім’я Наталії Єгорівни. У 1898 році син Вернадських Георгій вступив до гімназії, тоді ж народилась дочка, яку назвали Ніною. Квартира вченого сімейства не раз змінювала адресу: Смоленський бульвар, потім провулки Трубниковський, Георгієвський, Борисоглібський. Тут бував і відомий історик Василь Йосипович Ключевський. Коли він сідав на улюбленого, професійного коника, то розповіді не було кінця. Від витоків слов’янства до становлення Московії, «приращения» нових земель Російською імперією. Колеги по науці, бувало, бралися сперечатись, та Василь Йосипович витягав, як фокусник із рукава, нові факти, і дискусія тривала. Тоді Володимир Іванович діставав срібного годинника з жилетної кишені і, ніяково всміхаючись, говорив: «Ви собі як хочете, панове, а мені о десятій годині пора спати!» Прокидався він незмінно о шостій годині ранку. Як і славетний філософ Кант, він протягом життя намагався не порушувати заведеного порядку. Хоча бували й винятки: коли якась яскрава і несподівана думка приходила йому в голову під час сну, тоді він негайно прокидався, засвічував гасову лампу під зеленим абажуром, і його мозаїчний почерк мережив цілі стоси паперу. Зверху з лампи падали віхтики кіптяви, але вчений нічого не помічав. Він прагнув істини і завжди бачив перед собою її трепетний невагомий абрис. Простягнеш руку – і ось вона поруч. Але Володимир Іванович знав – різкі порухи до істини неможливі, інакше вона зникне, як цей перерваний нічний сон.
Але «чиста наука» ніяк не могла виокремитись із драматичного і напруженого суспільно-політичного життя Росії. Двадцять російських інтелігентів на окремих установчих зборах утворюють таємну політичну спілку «Визволення». Серед них знайомі і друзі Вернадського: Шаховський, Гревс, Ольденбург.
– Ви собі, як хочете, панове, але я можу бути для вас тільки «інтелектуальною парасолькою», – ніяково мружився Володимир Іванович. – У мене стільки справ у науці, от щойно довелось вивчити голландську мову, дуже були цікаві книги цією мовою з історії науки…
Скільки не наголошували друзі на «політичному моменті», завданнях інтелігенції перед масами, «упертий українець» стояв на своєму. А тим часом у Москві збори спілки відбувались у нього на квартирі. «Визволенці» підготували навіть «Записку про потреби російської школи». Товариш Вернадського Ольденбург, уже академік, який мав велику квартиру у Петербурзі, переконував Володимира Івановича, що треба звертатись до властей зі своїми вимогами. Відповідь була дана 9 січня 1905 року з гвинтівок царських солдатів. На решітці Олександрівського саду
