in seinem Tagebuch notierte:
„(...) ein fauler Schurke zu sein schien.“
Am Ende schließlich konnten sie die Shoshonin dazu überreden, sich der Expedition der Weißen anzuschließen, auch wenn man ihren „faulen Ehemann“ sozusagen als „zweite Wahl“ mit auf die weitere Reise nehmen musste.
Am 24. Dezember waren die Bauarbeiten an Fort Mandan fertiggestellt und am 25. wurde das Sternenbanner gehisst, während Clark jedem der Männer im Verlaufe des Tages drei Becher mit Branntwein ausschenken ließ. Am 11. Februar 1805 durfte sich Lewis als Geburtshelfer betätigen, denn Sacajawea bekam ihr Kind, und zwar ihr erstes, wie Clark später in seinem Tagebuch vermerkte. Es war ein Junge und wurde von Charbonneau auf den Namen Jean Baptiste getauft. Von den Männern der Expedition bekam das lebhafte Kind jedoch den Spitznamen „Little Pomp“ bzw. „Pompey“ und es war bei jedem der Expeditionsteilnehmer beliebt gewesen.
Den Winter über ging es friedlich im Lager zu. Zusammen mit den Mandan ging man auf die Bisonjagd, wobei die Weißen aber lediglich die Büffelzungen verzehrten. Neue Kanus wurden angefertigt, Kleidungsstücke und Mokassins geschneidert und auch Feste wurden zusammen gefeiert, auf denen Peter Cruzatte die Geige spielte und York dazu tanzte, während die Indianer ihre Stammestänze aufführten. Als der Frühling herangebrochen und das Eis auf dem Missouri geschmolzen war, begann man Vorbereitungen zu treffen, um die zwangsweise unterbrochene Fahrt auf dem Fluss weiter fortzusetzen. Dieses geschah schließlich mit 33 Personen am 07. April, wobei das Kielboot mit einigen Männern zurückgelassen wurde. Es kehrte nach St. Louis zurück und mit an Bord befanden sich neun Kisten mit Fundstücken verschiedenster Art sowie angefertigte Landkarten, die für Präsident Jefferson bestimmt gewesen waren. Clark dazu in seinem Tagebuch:
„Fort Mandan, 07. April 1805
Heute um vier Uhr Nachmittag fährt das Kielboot mit sechs Soldaten, zwei Franzosen und einem Indianer, alle unter dem Kommando eines Korporals, der für die Weiterleitung unserer Berichte verantwortlich ist, in Begleitung eines Kanus mit zwei Franzosen von hier weg und flussabwärts nach St. Louis. Gleichzeitig beginnen wir, mit zwei Pirogen und sechs Kanus die Reise flussaufwärts.“
O´Dell, „ABENTEUER AM MISSOURI“, S.78
Nach einer relativ ruhigen Fahrt den Missouri hinauf, kam es am 14. Mai zu einem Unglück, als eine der Pirogen von einer Windböe erfasst wurde, während am Ruder der (wie Lewis später in seinem Tagebuch vermerkte):
(...)„wohl furchtsamste Boots- und Rudermann der Welt“,
nämlich Charbonneau höchstpersönlich stand. Anstatt die Segel einzuholen und das Ruder in die Hand zu nehmen, fing er an zu beten, während die Piroge begann, sich bedenklich zur Seite zu neigen und voll Wasser zu laufen. Schließlich nahm Peter Cruzatte beherzt das Steuerruder in die Hand und sich kaum über Wasser haltend, schafften sie es gerade mal zurück an Land zu kommen, wo Charbonneau kurzerhand das „Steuermannspatent“ aberkannt wurde. Anzumerken wäre noch, dass Sacajawea sofort von Bord der Piroge gesprungen war und einige wichtige Dinge, die in die Fluten des Flusses gespült worden waren, durch ihr beherztes Eingreifen retten konnte. Darunter befanden sich auch Clarks Tagebuch und Kompass. Andere Dinge wie Schießpulver, Mehl, Medikamente sowie Handelswaren für die Indianer, waren hingegen unwiderruflich verloren gegangen. Das galt auch für den Großteil des getrockneten Fleisches, sodass Lewis nachfolgend Gruppen von Männern auf der Jagd nach Wild an Land setzen musste, um die Verluste wieder auszugleichen.
Am 25. April erreichte die Expedition den Yellowstone River, zwei Tage später das Gebiet des heutigen Montanas. Am 03. Juni erreichte man die Mündung des Marias River, wo das Camp Deposit errichtet wurde. Am 13. Juni erreichten die Männer die Great Falls Wasserfälle und ab dem 15. Juni waren sie damit beschäftigt, die Boote und die Ausrüstung 19 km über Land zu transportieren, um die fünf tosenden Wasserfälle, verbunden mit gefährlichen Stromschnellen zu umgehen. Die Truppe litt an Furunkeln und der Amöbenruhr und auch Sacajawea erkrankte so schwer, dass man sie zu den nahegelegenen heißen Schwefelquellen brachte, die schließlich für eine Gesundung der Shoshonin sorgten. Zu alledem tagte am 29. Juni schließlich auch noch ein Kriegsgericht, dass die beiden Soldaten Collins und Hall zu 100 bzw. 50 Peitschenhieben auf dem Rücken verurteilte, da die beiden Männer sich verbotenerweise an einem Whiskeyfass zu schaffen gemacht hatten.
Am 16. Juli wurden die Boote oberhalb der Fälle wieder zu Wasser gelassen und dann konnten die Männer ihre Fahrt in ruhigen Gewässern weiter fortsetzen. Knappe zwei Wochen später erreichte man jene Stelle, wo sich der Missouri in drei gleichgroße Flussarme aufteilte. Lewis und Clark beschlossen nach eingehender Beratung, dem nördlichsten der drei Flussläufe zu folgen, der zu Ehren des amtierenden Präsidenten, Jefferson River getauft wurde. Der mittlere und südliche Flussarm wurden in Madison- bzw. Gallatin River umgetauft, nach dem Außen- sowie Finanzminister der USA. Mittlerweile hatte die Expedition das Gebiet der Shoshonie oder Schlangen-Indianer erreicht, wobei Sacajawea aufgeregt einige Landpunkte wiedererkannte, darunter auch einen rundlich geformten Felsen, der von den Indianern „Biberkopf-Felsen“ (Beaverhead Mountain) genannt wurde. Am 17. August kam es zu einem ersten Zusammentreffen mit einem Jagdtrupp der Shoshonie, dem sich Lewis mit einem über dem Kopf gehaltenen Sternenbanner näherte, um so seine friedlichen Absichten kundzutun. Es waren Krieger aus dem Dorf, in dem Sacajaweas Bruder Cameawait mittlerweile Häuptling geworden war. Zunächst hatten die Indianer geglaubt, dass es die fremdartigen Weißen auf eine Gruppe Squaws ihres Dorfes abgesehen hatten, auf die Lewis mit seiner Gruppe Männer bei seinem Landgang überraschend gestoßen waren. Allerdings klärte Sacajawea die Sache schnell auf, woraufhin die Weißen in das Dorf der Indianer geführt worden waren. Nach den vielen Jahren der Trennung sah Sacajawea dort zum ersten Mal ihren Bruder wieder und die Wiedersehensfreude war recht rührselig, wie Clark später in sein Tagebuch schrieb. Sie erwies sich als wertvolle Hilfe beim Einhandeln von 29 Pferden, mit deren Hilfe Lewis und Clark ihren weiteren Weg über die Rocky Mountains hinweg fortsetzen wollten. Zudem wurde der Indianer, der Old Toby genannt werden sollte, als Führer engagiert. Anfangs weigerte sich Charbonneau, diese weitere Reise mitzumachen, doch als Clark ihm androhte, dass er keinerlei Lohn bekommen würde, änderte der Franzose schlagartig seine Meinung und schon bald rüstete man sich für den Aufbruch zu den Bitterroot Mountains im Westen, während Clark beschloss, das Lager bei den Shoshonie Camp Fortunate = „Glückslager“ zu nennen.
Am 04. September trafen die Weißen auf eine Gruppe Flathead-Indianer, von denen sie weitere Pferde einhandelten. Bereits eine Woche später folgten sie dem Lolo Trail in Idaho, um die steilen Bitterroot Mountains zu überwinden. Dieser Teil der Reise zerrte an den körperlichen und geistigen Kräften der Expeditionsteilnehmer, doch mit eiserner Disziplin hielten Lewis und Clark ihre Mannschaft zusammen, wobei Clark im zunehmenden Maße Sacajawea vor den Grobheiten Charbonneaus in Schutz nehmen musste. Als die Männer ein Dorf der Flatheads erreicht hatten, schenkten ihnen die Bewohner eine Hirschkeule, derweil Charbonneau kurzerhand die Tochter des Häuptlings zur Frau nahm. Diesen Ort nannte Clark später Travelers Rest = „den Rastplatz der Reisenden.“ Mitte September waren die Nahrungsmittelvorräte derart knapp geworden, dass Lewis Fleischbrühwürfel an die Expeditionsteilnehmer ausgeben ließ, die er für den äußersten Notfall, der nun eingetreten war, mit auf die Reise genommen hatte und die nun zu dem alltäglichen Verzerr von Pferdefleisch, als Brühe aufgekocht wurden. Ab und zu gelang es den Männern, etwas Wild zu schießen, darunter einen Wolf sowie einige Fasane und Enten. Als sie den Lolo-Pass am 22. September endlich überwunden hatten, mussten sie sich bereits von wilden Beeren und Wurzeln ernähren, um nicht zu verhungern. Die Expedition hatte das Tal des Clearwater River erreicht, wo das Volk der Nez Perce lebte, die die Amerikaner freundlich in ihre Zelte aufnahmen.
Die Nez Perce, die sich selber Nimipu = „Volk“ nannten und der Sprachfamilie der Sahaptin
