1991 року, без формального введення надзвичайного стану, він надав голові КДБ Володимиру Крючкову, міністру оборони Дмитру Язову і свіжоспеченому міністру внутрішніх справ Борису Пуґо карт-бланш на випадок, якщо знадобиться припинити дрейф радянських республік до суверенності та незалежності. П’ятого січня 1991 року за наказом Язова, виправдовуючись призовом новобранців до Радянської армії, у республіки Прибалтики ввійшли підрозділи повітряно-десантних військ. Одинадцятого січня центральні ЗМІ оголосили про створення у Вільнюсі промосковського Комітету національного порятунку. Ще через три дні підрозділи спецвійськ МВС і КДБ здійснили штурм вільнюської телевежі, яку захищали прихильники литовської незалежності. Під час штурму загинуло п’ятнадцять осіб. Двадцятого січня війська МВС застосували зброю в Ризі; загинуло чотири людини. Через п’ять днів радянські газети опублікували текст указу про спільне патрулювання міст військами МВС та армії. Указ фактично узаконював присутність військових на вулицях радянських міст.
У березні Горбачов створив Раду безпеки – найвищий дорадчий орган при президенті, куди входили майже виключно прихильники жорсткого курсу. Тоді ж із подачі Горбачова провели всесоюзний референдум, де 76 % учасників висловилися за збереження Союзу; попри те що референдум був проігнорований новою владою республік Прибалтики й Закавказзя, його результати виправдали сподівання президента СРСР та його оточення. Двадцять восьмого березня Горбачов наказує військам не допустити в Москві маніфестацій на підтримку Єльцина. Того дня консерватори мали порушити в російському парламенті питання про звільнення Єльцина з посади спікера. Ця спроба виявилася провальною. Маніфестації в Москві пройшли попри заборони. Війська для їх розгону не використовували. Якщо росіяни й загалом слов’яни у складі елітних спецпідрозділів без вагань відкривали вогонь по особах неросійського й тим паче неслов’янського походження у Прибалтиці та Закавказзі, то стріляти по своїх, слов’янах, їм було б набагато складніше. Крім того, це могло вилитись у масштабне кровопролиття, чого Горбачов допустити не міг. І він скомандував відбій – цей крок радо зустріла демократична опозиція (на деякий час Єльцин навіть припинив атакувати Горбачова) і засудили консерватори. Горбачов знову їх обдурив, не пішовши до кінця. Тепер вони дивилися на нього як на перешкоду, котру слід усунути.
Багато хто в партапараті хотів звільнитися від заблукалого партійного вождя. Однак, на відміну від Єльцина, Горбачов навіть думати не хотів про добровільний вихід із партії, і то не тільки через відданість ідеалам соціалізму чи віру, що партію можна реформувати (про що він неодноразово заявляв), але й із тактичних міркувань: він не хотів, щоб партійна машина, яка ще мала величезну владу в країні, пішла проти нього. Черняєв за кілька днів до виходу з партії Єльцина описав у своєму щоденнику розмову з Горбачовим: «Шкурники.
