Zeit erschien Lüfts wissenschaftliches Hauptwerk, die ersten beiden und leider einzigen Bände seiner „Liturgik oder wissenschaftliche Darstellung des katholischen Kultus“50, in denen die allgemeine Liturgik behandelt wurde. An der Bearbeitung weiterer Bände, die der speziellen Liturgik gewidmet sein sollten, scheint Lüft durch seine pastoralen Aufgaben gehindert worden zu sein. Dem Werk wurde eine bahnbrechende Wirkung beigemessen. Lüft war der erste, welcher der Liturgik ein streng wissenschaftliches Gepräge gab.51 Das Werk fußte auf Lüfts Gießener Vorlesungen52. Dabei mühte er sich um eine heilsgeschichtliche Grundlegung des Kultus. Der Grundgedanke des christlichen Glaubens und Lebens ist die Erlösung durch Christus53. Anteil an der Erlösung gewinnt der Mensch durch seine Lebensgemeinschaft mit Christus, vornehmlich in der Feier der Eucharistie. Das erlösende Tun Christi wird von der Kirche fortgesetzt, in ihr empfangen alle die Mitteilung des in Christus ruhenden göttlichen Lebens54. Die Kirche ist eigentlich der durch alle Zeiten erscheinende, fort und fort erlösende Christus selbst55. Lüft definiert den Kultus als die Gesamtheit der heiligen Handlungen und Formen, durch welche das religiöse Verhältnis einer Gemeinschaft oder ihrer einzelnen Glieder zur Gottheit und der Gottheit zur Gemeinde unmittelbar dargestellt und vermittelt wird56. Die Priester sah Lüft dabei als wirkliche Träger und Leiter des Lichtes und der Gnade, wirkliche Mittler zwischen Gott und den Menschen57, zwar gebe es eine Unterscheidung zwischen Priestertum und Volk, doch beide bestehen neben einander als eine organische, sich gegenseitig bedingende und durchdringende Einheit. Die Gemeinde wird ausdrücklich als Mitgestalterin der Liturgie genannt. Er anerkennt den Wert der in der Aufklärungszeit entstandenen deutschen Volksliturgien, beklagt aber den kalt dozierenden, flach moralisierenden Geschmack vieler Schöpfungen dieser Zeit58. Den Verlust des Chorals, der nur noch in den Kathedralen anzutreffen sei, beklagt er59. Als Ministranten wünscht er sich Kleriker oder gebildete Laien; denn die oft ganz rohen Knaben aus der untersten Volksklasse störten seines Erachtens die Würde des Gottesdienstes durch das geräuschvolle, bauernhafte Auftreten, das dummstolze Sichgeltendmachen, das haltungslose Hin- und Herlaufen, die schleifenden und kratzenden Kniebeugen, den unordentlichen und verwahrlosten und nicht selten ganz geschmacklosen Anzug60. Die Predigt betrachtete er als wesentlichen Bestandteil des Gottesdienstes und sah ihren Platz unmittelbar im Anschluss an das Evangelium. Lüft lieferte eine Einleitung und eine Gliederung der Liturgik und leistete dabei Pionierarbeit. Wie schon in Gießen nannte er als Zweck des Gottesdienstes die Anbetung Gottes, die Erhaltung des christlichen Glaubens und Lebens und die Vereinigung mit Gott. Seine Konzeption erhob die Liturgik zweifellos zum Rang einer theologischen Disziplin im universitären Rahmen61.
Als 1844 der erste Band der Liturgik erschien, bezeichnete ihn Karl Josef Hefele (1809–1893) als entschieden das Beste, was im Fache dieser Disziplin bisher in Deutschland geschrieben worden ist62; Hefele freute sich, dass die praktische Theologie nicht länger der Tummelplatz der Unwissenschaftlichkeit und des Dünkels sein sollte63. Die „Liturgik“ bestimmte die Universität Prag, Lüft anlässlich ihrer fünfhundertjährigen Stiftungsfeier zum Ehrendoktor zu promovieren. Lüfts wissenschaftliche Reputation führte auch dazu, dass er des öfteren für eine Professur in Aussicht genommen wurde. Die Tübinger Fakultät verzichtete auf eine Anfrage wegen der Nachfolge Johann Baptist Hirschers (1788–1865) nur, weil man wusste, Lüft werde in Darmstadt bleiben.
Seine Werke wirken fort: Johann Baptist Lüft als Pfarrer von Darmstadt
Trotz allen Engagements in Forschung und Lehre hatte sich Lüft in Gießen nicht heimisch gefühlt. Bereits nach den ersten Semesterferien, die er in Mainz verbringen konnte, klärte er Bischof Burg darüber auf, dass es ihm in Gießen wenigstens in der ersten Zeit nicht sonderlich gefiel. Nach seiner Rückkehr brauchte er wieder einige Wochen, um sich in Gießen einzugewöhnen, wo das geistig-gemütliche Element so wenig Nahrung hat. Seine Schwierigkeiten führte Lüft auf seine psychische Struktur zurück: Ich glaube überhaupt, dass bei mir der Verstand seinen Sitz im Herzen hat.64 Als sich 1835 die Gelegenheit bot, Gießen zu verlassen, nutzte er sie. Bis zu seinem Tod wirkte er als Oberschulrat, Pfarrer und Dekan in Darmstadt. Die Pfarrchronik ermöglicht es, die wesentlichen Stationen von Lüfts Wirken zu rekonstruieren.
Eine wesentliche Rolle spielten dabei Unternehmungen, die zu einer besseren Ausstattung der Pfarrkirche St. Ludwig führen sollten. Für den Einbau eines Chores gelang es Lüft, finanzielle Hilfen durch das großherzogliche Haus zu erlangen. Als Anhänger von Neoromanik und -gotik konnte er dem klassizistischen Bau aber wenig abgewinnen und meinte, das Gebäude mache zwar einen schönen und großen, aber keinen frommen und kirchlichen Eindruck, und das fromme Gefühl ist durch die Bauweise beeinträchtigt65.
Schon zu Beginn seiner Amtszeit (1837) erreichte Lüft, dass ein katholisches Schulhaus errichtet wurde, und erhielt die Erlaubnis, an den höheren Schulen der Stadt katholischen Religionsunterricht zu erteilen. 1845 gelang die Gründung eines Kirchengesangvereins, 1854 folgte eine „Katholische höhere Töchterschule“. 1840 wurde die Fronleichnamsprozession eingeführt, die freilich auf den Kirchenraum von St. Ludwig beschränkt blieb; noch 1858 scheiterte der Versuch, sie ins Freie zu verlegen. Auf die Initiative Lüfts ging auch die 1859 erfolgte Berufung der Niederbronner Schwestern zurück. Zunächst gab es große Widerstände gegen die Errichtung eines Klosters im evangelisch geprägten Darmstadt. Aber bald erwarben sich die Schwestern allgemeine Sympathien. Sie wirkten in der ambulanten Krankenpflege und der Armenbetreuung, gründeten eine Handarbeitsschule und erlangten schon 1862 die Korporationsrechte. Im Zusammenwirken mit Großherzogin Mathilde (1813–1862), die in diesem Jahr starb und in ihrem Todesleiden von den Schwestern gepflegt wurde, war Lüft die rasche Integration der klösterlichen Gemeinde in das Darmstädter Gemeinwesen gelungen.
Schon zuvor hatte sich Lüft dem katholischen Vereinswesen angenommen. Nach mehreren vergeblichen Versuchen gelang es einen Kirchenchor zu etablieren, 1857 folgten der katholische Gesellenverein und ein Paramentenverein, im folgenden Jahr der Armenverein, aus dem 1864 der Elisabethenverein hervorging. Bruderschaften wurden gegründet, ein christlicher Mütterverein ebenso.
Für die mehrheitlich evangelische Landeshauptstadt war Lüft der richtige Mann. In einer anonymen Schrift aus dem Jahr 1839 bekannte er: Es ist meine Sache nicht und nie gewesen, Unduldsamkeit zu nähren und eine polemische Stellung dem Protestantismus gegenüber einzunehmen. Das friedliche Verhältnis unter den Bekennern beider Konfessionen des Großherzogtums war ihm ein Anliegen. In seinen veröffentlichten Predigten werden kontroverstheologische Fragen nicht berührt. Doch sah er sich herausgefordert, eine notgedrungene Ehrenrettung des katholischem Glaubens vorzunehmen66, nachdem der Darmstädter Hofprediger Karl Zimmermann (1803–1877) in einer Predigt zum Reformationsfest der katholischen Kirche Geistes- und Gewissenszwang, mönchischen Aberglauben, Beladung mit äußerem Werk und drückenden Formen vorgeworfen hatte67. Lüft fand es unerträglich, dass die Kirche vor dem Fürstenhaus herabgewürdigt, gelästert wurde68. Auch die Kritik, die zu gleicher Zeit im „Frankfurter Journal“ an seinem Gießener Nachfolger Kaspar Riffel geübt wurde, wies Lüft zurück69 und beklagte Jesuitenriecherei und Verdächtigungssucht70. Demgegenüber habe sich die katholische Geistlichkeit zu Darmstadt […] stets durch hohe Duldsamkeit wahrhaft ausgezeichnet71. Vorbehaltlos würden die Darmstädter Katholiken das Engagement des Großherzogs für sie anerkennen, besonders bei dem Baue ihrer freilich völlig mißlungenen Kirche72. Solche Spitzen und seine herausgehobene Stellung zwangen Lüft, in der Anonymität zu bleiben; für den religiösen Frieden, das Hauptanliegen der Schrift, ist er allerdings stets offen eingetreten.
Das musste Lüft auch 1845 erfahren, als die deutschkatholische Bewegung in Darmstadt Fuß zu fassen suchte und dabei von der evangelischen Hof- und Stadtgeistlichkeit unterstützt wurde. Lüft bemühte sich, die Katholisch-Theologische Fakultät Gießen für die geistige Auseinandersetzung mit dem Deutschkatholizismus zu gewinnen und trat selbst in mehreren Predigten gegen den Deutschkatholizismus
