Pero aun después de la rendición de Granada continuó la resistencia morisca. Contribuyó a ello que no se cumplieron muchas de las estipulaciones pactadas. Sobre todo durante la regencia del cardenal Cisneros se endureció el trato a los no conversos. Los levantamientos en los pueblos y las zonas cerca a las Alpujarras, y otros lugares de la Sierra Nevada, continuaron durante los reinados de Carlos V y Felipe II. Al final se impuso la conversión de todos los moros, como en su momento ocurrió con los judíos, para que pudiesen continuar viviendo en territorio español. Posteriormente se dieron procesos individuales contra conversos, sobre los cuales había dudas con respecto a la sinceridad de su conversión. Claro que también contribuyó mucho a que se dieran esos procesos el propósito de la Inquisición de confiscar los bienes de los procesados. En su afán de homogenizar su población en base a la religión, bajo una sola fe, España se privó de muchos moros y judíos que dejaron el país cuando su concurso era en extremo necesario. La homogeneidad étnica que no tenía la buscó suplir con la homogeneidad religiosa.
En efecto, España, que no tenía una plena homogeneidad racial, procuró una total homogeneidad religiosa. Pero esa total homogeneidad religiosa tuvo un costo significativo. Aunque su raza era mezcla de celtas, íberos, romanos, visigodos, moros y judíos, los españoles que llegaron a América traían una sola religión, esto es, eran cristianos católicos. También, para acceder al aparato administrativo, tenían que dejar sus otras lenguas, el gallego, el vasco o el catalán, para hablar castellano. Además traían los conceptos jurídicos y económicos producto de los escolásticos aristotélicos, ya de divulgada aceptación a fines de la Edad Media e inicios del Renacimiento. Llegaron a conquistar un imperio donde a su vez había aspectos homogéneos, producto del ímpetu conquistador incaico, como aspectos de diversidad, producto de las tendencias remanentes de los pueblos sometidos a los incas.
Se considera que el aislamiento estanca y bloquea la evolución cultural, incluido el desarrollo del lenguaje. Estos posibles efectos esterilizadores del aislamiento reducirían al pueblo aislado a un lenguaje con expresiones idiomáticas muy limitadas, sólo referidas a sus tareas más próximas. En cambio, el intercambio con otros pueblos amplía el horizonte cultural, incorporando al lenguaje mucho mayor número de palabras. Al ampliar el vocabulario se amplían también las funciones intelectuales, generando un pueblo cada vez más receptivo y mejor comunicado.
En el caso del Perú, las comunidades serranas tuvieron relación con las comunidades costeñas, contribuyendo esta sinergia al mayor desarrollo cultural de ambos grupos de pueblos. A partir del inca Pachacútec, en que se inicia la gran expansión del Imperio Incaico, paulatinamente su maquinaria administrativa y militar fue absorbiendo a las culturas de la costa, sobre todo a Nasca en el sur y Chimú en el norte. En cambio, los pueblos de la selva se mantuvieron relativamente aislados en pequeñas comunidades que recorrían extensos territorios para procurar su sustento. Probablemente hubo algún pequeño intercambio entre la selva y la sierra. Se estima, por ejemplo, que algunos simbolismos de la cultura Chavín, algunos plumajes y similares arreglos ornamentales, así como la presencia de determinadas plantas, sobre todo medicinales, son prueba de la existencia de algún intercambio entre la selva y la sierra. Pero las grandes distancias culturales e idiomáticas entre unos y otros hacen difícil suponer que el intercambio fuera fluido.
Salvo en la selva, la labor del Imperio Incaico fue la de fundir diversas culturas locales en una totalidad mucho más homogénea. No obstante lo accidentado del territorio, y la gran extensión del mismo, los incas lograron, mediante los mitimaes y otros medios, un cierto grado de homogeneidad que facilitó gobernar esas grandes extensiones. Es lógico suponer, entonces, que el mando directo del inca sobre su pueblo se ejerció hasta antes de Pachacútec. Pero a partir de Pachacútec es también lógico suponer que haya variado para ser un mando indirecto, ejercido a través de funcionarios dependientes del inca. El inconveniente en el quehacer homogenizador fue que entre Pachacútec y la guerra civil entre Huáscar y Atahualpa sólo transcurriesen algo más de cien años. Por lo demás, el precitado mando indirecto, a través de subalternos, explicaría también la evolución sufrida por el sinchi o curaca o cacique.
En efecto, el Perú tiene una geografía en extremo difícil: escasa agua y tierra cultivable en la costa; titánicas cordilleras en la sierra, y exceso de agua y vegetación en la selva. La geografía del Perú no es, pues, precisamente armónica y fácil. Todo lo contrario: la diversidad de sus temperaturas, alturas, vegetaciones, etc., es justamente lo dominante. Quizá por ello la cédula de la sociedad no fue la familia, constituida por padre, madre e hijos, sino el Ayllu, como una forma extendida de la familia. El Ayllu reunía una comunidad de gente de un mismo linaje, en posesión de una tierra que cultivaban en conjunto. Era un grupo con parentesco, comprometido en una tarea común. Aparentemente la dificultad de la geografía imponía la familia extendida como cédula de la sociedad.
El Ayllu evolucionó desde los tiempos preincaicos hasta el inicio de la Conquista. Al inicio el jefe, sinchi, curaca o cacique era de carácter transitorio. En época de paz se procuraba al más capacitado para organizar el riego y la labranza de la tierra. En época de conflicto se procuraba al más capacitado para la lucha. Pero ya en la época incaica el jefe del Ayllu se empezó a volver permanente. Con las grandes conquistas imperiales fue frecuente que el inca procurase, a través de sus hermanas o hijas, establecer lazos matrimoniales, y por ende familiares, con los sinchis, curacas o caciques locales. Así además lograba que la siguiente generación tuviese un porcentaje de sangre quechua. Con la Conquista el sinchi, curaca o cacique no sólo fue permanente sino que además se le adjudicaron las tierras. Luego, por matrimonio de sus hijas con conquistadores, la propiedad fue pasando a los descendientes de éstos.
De modo que el sentido colectivo sobre la posesión de la tierra por parte del Ayllu fue evolucionando hacia una propiedad más bien familiar. Claro que ello no fue óbice para que se procurase proteger las tierras comunitarias. Pero fue en ese proceso de confrontaciones y acomodos, de movimientos migratorios y presión demográfica, que se fueron labrando nuevas formas de posesión y propiedad de la tierra. La selva, en cambio, quedó, como en la época preincaica e incaica, al margen de esta nueva realidad que se configuraba en la sierra y en la costa. En el vocabulario virreinal, los lugares de selva eran denominados territorios de evangelización. Eran tierras que había que incorporar al cauce social imperante. Por lo demás, salvo la yuca en la selva, la gran domesticación y selección de especies vegetales fue hecha en los Andes, como fue el caso de la papa, el maíz, la quinua, el olluco, la caigua, el camote, etc., así como también el cultivo en terrazas o andenes para poder usar las faldas de los cerros.
En lo que concierne a las creencias, el avance de los incas logró eliminar muchas modalidades de hechicería. Fueron reemplazadas por la devoción en una creencia divina, sobre todo la del sol y en algo la de la luna. En la selva más que creencias divinas continuó habiendo hechicerías, sujetas por ende a las mayores arbitrariedades de los brujos. Así, al momento de la Conquista, los pueblos de la sierra y de la costa ya gozaban de un estado psíquico y mental que les permitía ser asimilados por una religión superior. En cambio, los pueblos de la selva eran más bien hostiles a cualquier concepto de religión superior. Ellos aún seguían absorbidos por sus creencias mágicas primitivas de encantamientos, brujerías, hechicerías, etc. Por eso la sierra y la costa se incorporaron pronto a la religión católica que trajeron los conquistadores.
Es más, la devoción religiosa serrana se volvió rápido semejante y hasta igual a la que había en la península. La arquitectura religiosa peruana fue una manifestación abrumadora de esa devoción religiosa, sobre todo en la sierra. Los templos que se hicieron en Cusco, Puno, Ayacucho y Arequipa podían rivalizar con cualquier templo europeo. Obviamente no ocurrió lo mismo en la selva, donde casi no hubo registros de una significativa devoción religiosa. Aun ahora la gran mayoría de las poblaciones originarias de la selva se conducen conforme a sus singulares y particulares hábitos y prácticas, muchas veces ajenos y extraños al cauce social imperante en el resto del país. De modo que la costa y la sierra pronto comenzaron a ser parte de la civilización Occidental y Cristiana. Pero dentro de su
