Merkez Kurulu toplandı ve yapılan gizli oylama sonucu Mustafa oy birliği ile başkan seçildi. Başkan yardımcıları ise Münnevver Karî Abduraşidhanov ve Taşbolatbek Narbotabekov oldu.
Kısa bir süre sonra Taşkent’te Serali Lapin başkanlığında Ulemâ Cemiyeti de toplandı Şûrâ-yı İslâm’a karşı faaliyetler yürütmeye başladı. Esas olarak bünyesine Türkistan bölgesindeki din adamlarını, kadıları ve aksakalları toplayan bu cemiyet, kısa zaman içerisinde büyük bir siyasî güce dönüştü. Taşkent, Fergana, Semerkant, Buhara gibi önemli şehirlerde söz sahibi olan din adamları -cemiyetin programını benimseyerek- gençlerden ve yenilikçilerden oluşan Şûrâ-yı İslâm cemiyeti hakkında olumsuz propaganda yapmaya başladılar.
Bir Hukukçu olarak “İki kadının olduğu yerde mesele dörde çıkar.” atasözünü çok iyi bilen Mustafa Çokay’ın iki cemiyeti uzlaştırmak için yaptığı çabalar sonuçsuz kaldı. İki büyük topluluk arasındaki fikir ayrılığı özellikle Taşkent şehir meclisi seçimleri sırasında daha da derinleşti.
1917 yılının Temmuz ayında Taşkent’te şehir meclisi seçimleri yapıldı. Ağustos başında sonuçları açıklanan bu seçimde yerli halka baskı uygulayarak muhalifleri bastıran Kadimciler,13 şehir meclisinde üstünlüğü ele geçirdi. Ancak Ulemâ Cemiyeti tarafından belediye başkanlığına teklif edilen kişi monarşist Markov’du. Şehrin yönetimini Müslüman gençlerden birine vermek istemeyen Ulemâ Cemiyeti 1916 yılında devrim sırasında Müslümanlara zulmeden eli kanlı bir katile Taşkent şehrinin anahtarını teslim etti.
Seçimler sırasında Mustafa, Taşkent’te değildi. Temmuz ayının sonlarına doğru henüz seçim sonuçları ilan edilmeden Petersburg ve Moskova şehirlerine giderek Bölge Yürütme Komitelerinin toplantılarına katıldı. Petersburg’da Geçici Hükûmetin yöneticileriyle, özellikle de Hükûmet Başkanı Kerenski’yle görüştü ve çeşitli anlaşmalar yaptı. Sohbet sırasında eski bir tanışı olan Geçici Hükûmetin başkanına Türkistan’ın umumi durumu hakkında bilgi verdi. Dostluğunu kullanarak Türkistan’ın yetkili kurumlarının onayı alınmadan Türkistan ile ilgili herhangi bir reform kararı verilmemesi yönünde Kerenski’den söz aldı. Görüşme sırasında Türkistan’ın önemini vurgulayarak Petersburg’da Türkistan Meseleleri Özel Komiserliği kurulması gerektiğini gündeme getiren Kerenski, bu iş için Mustafa’nın başkentte kalmasını istiyordu. Memleketinde daha yararlı olacağını düşündüğünden Geçici Hükûmet başkanının teklif ettiği vazifeyi reddetti, arkadaşına teşekkürlerini sunup Türkistan’a döndü.
Taşkent’e geldikten sonra seçimler sırasında vuku bulan olaylardan haberdar olunca Ulemâ Cemiyeti yöneticileriyle görüşüp meseleleri açık şekile konuşmaya karar verdi. Yanına Ubaydullah Hocayev’i alarak Kadimcilerle görüşmeye gitti. Şeyhantahur Camisi’nin bahçesinde gerçekleşen görüşmede Kadimciler, Şûrâ-yı İslâm örgütü hakkında asılsız iddialar öne sürmeye başlayınca öfklenen Ubaydullah Hocayev “Rus monarşisti Taşkent şehrinin belediye başkanı yapan siz Ulemâ Cemiyeti üyeleri hiç utanmıyor musunuz?” diye bağırdı. O anda Ulemâ Cemiyeti’nin sekreterliğini yürüten kişi de Ubaydullah Hocayev’e dönerek: “Rus monarşist Markov, Ceditçi Ubaydullah Hocayev’den çok daha iyidir.” diye karşılık verdi. Kalabalık da bağırıp çağırarak bu söze destek verdi. Çokay, kendisini ümmetçi, İslam’ın birliği ve dirliğini düşünen kişi olarak tanıtan o şahıstan bu sözleri duyduğunda ne diyeceğini bilemedi. Abay’ın “İyi bir yabancı gördüğünde ‘saygın’ diyerek dalkavukluk edip öven, kendi halkı içinde ondan daha iyisi de bulunsa görmezlikten gelmek ne demek?” şeklindeki sözlerini hatırlayarak bu derdin bütün Türkistan’a özgü bir hastalık olduğunu anladı. “Toplumun başına kadı olan bu küçük mahlûklar bunu nasıl anlasınlar? Ah benim bahtsız halkım, sen uyanıp birleşinceye kadar bu cahiller yüzünden kendi topraklarında tepene çıkan aptalların yemi olacaksın!” diye geçirdi içinden.
Bu görüşmeden sonra Kadimci âlimler ve Millî Merkez Kurulu arasındaki ilişkiler daha da gerildi. Serali Lapin, kendisi de üye olmasına rağmen Mustafa’nın başkanlığındaki Merkez Kurulunu ağır şekilde eleştirmeye başladı. Türkistanlı Ceditçilerin yayınladığı Uluğ Türkistan gazetesinde, Ulemâ Cemiyeti Başkanı Serali Lapin’in Merkez Kurulu üyelerini “Sahtekârlar!” diye suçladığı yazısı yayımlandı. İftira ve hakaretlere dayanamayan Mustafa, hemen bir açık mektup yazarak Uluğ Türkistan gazetesinde yayımlattı:
“Serali Lapin Bey, söylediklerinin doğru olmadığını kendisi de biliyor olmalıdır çünkü Merkez Kurulu bu yılın Nisan ayında kurulmuş olup, Birinci Müslüman Kurultayı’nda Serali Bey’in de katılımıyla Merkez Kurulu’na üyeler seçildi. Seçilen üyeler aşağıdaki kişiler idi: Serali Lapin, Şahislam Şahiahmedov, Narbotabekov, Akayev ve ben.
Kurultay kararları doğrultusunda Merkez Kurulu’na vilayetlerden de temsilciler seçildi. Bunların arasında tarım uzmanı Hidayet Bek Ağayev, avukat Orazayev ve gazeteci Mehmet Ali Efendizade de vardı. Daha sonra Merkez Kurulu tarafından düzenlenen iki toplantıda da -ikisi de Eylül ayında gerçekleştirildi- bütün üyeler güvenoyu aldı.
Serali Lapin Bey, Merkez Kurulu üyesi olmasına rağmen önceleri Ulemâ Cemiyeti tarafından düzenlenen Kurultaylarda öncelikle Merkez Kurulu üyelerini yeniden seçme meselesini gündeme getirmişti. Öyle anlaşılıyor ki Merkez Kurulu ile mücadele etmek için Merkez Kurulu üyelerini ‘sahtekârlar’ olarak suçlamaktan başka bir yol bulamamış. Serali Bey’e hatırlatırım ki kendi parti içi ‘entrikalarını’ hayata geçirmek için Merkez Kurulu’nun adını kullandığında Kurul’un diğer üyeleri gibi kendisinin de ‘sahtekâr’ olduğunu unutmamalıdır. O sırada ‘sahtekâr’ olarak adlandırılmaktan utanmak bir yana bilakis Kurul üyeleri yokken onların bilgisi dışında kendi için gerekli kararları çıkarmış, 4 Mayıs günü İşçi ve Asker Milletvekilleri Bölge Konseyi’ne yanlış bilgi vererek orayı da karıştırmıştı.
Sırası gelmişken şunu da hatırlatalım ki Merkez Kurulu’nun adını kullanmasıyla ilgili olarak Kurul tarafından 9 Mayıs’ta çağırıldığı toplantıda çıkan kararı Serali Lapin Bey, ‘Geçici Başkan’ sıfatıyla imzalamıştı.”
Hemşerisi bu açık mektuba cevap vermedi fakat aralarındaki siyasî gerginlik ve anlaşmazlık daha da arttı. Mesela Sırderya Vilayeti kurultayında Bütün Rusya Kurucu Meclisine temsilci olarak seçilen Mustafa’yı onaylamadığını bildiren Ulemâ Cemiyeti, temsilciliğe Serali Lapin’i aday olarak sundu.
Çeşitli anlaşmazlıklara rağmen Türkistan’ı özerkliğe kavuşturma düşüncesi gün geçtikçe arttı. Özerklik ilanı fikrinin yaygınlaşmasında Türkistanlı aydınların yanı sıra Azerbaycanlı ve İdil-Ural bölgesinden gelen aydınlarının da büyük etkisi oldu. Sözgelimi Türkistan’ın Özerkliği mücadelesinde Tatar Kebir Bekir’in yönetiminde yayımlanan Uluğ Türkistan gazetesinin rolü büyüktür. “Yaşasın Milletlerin Özerkliği!” gibi sloganlarla yayımlanan bu gazetenin bir sayısında “Halkının % 98’i Müslüman olan Türkistan’da yönetimin yabancı asker ve işçilerin denetiminde olmasına Türkistanlılar razı değil!” şeklinde bir ifade yer aldı. Yine bu gazetede Nuşirivan Yakuşev ismiyle yayımlanan bir yazıda şu fikirlere yer verilmiştir:
“Rusya’da Türk halklarına mensup milyonlarca kişi yaşamaktadır. Bunlar ırkı, milleti, dili ve
Kadimciler: Ceditçilerin aksine eski usul medrese eğitimini savunan kişilerdir.
