організації козаки керувалися принципами військової демократії і прямого представництва. Вибирала, знімала й карала урядників козацька рада. Для Речі Посполитої більшу загрозу становив козацький спосіб життя, а не грабіжницькі походи, які викликали лють турків і провокували їх на дії у відповідь. Козацтво приваблювало тисячі селян і рядових містян і тим самим підривало соціальний лад, піднімало градус суспільної напруги та створювало передумови для повстання. Іноді доходило до масштабних воєн та селянських жакерій, у ході яких гинули десятки тисяч людей із вищих класів і неправославних меншин – найперше католиків і євреїв.
Северин Наливайко, чиє життя описувала «Історія русів» і оспівував Кондратій Рилєєв, був ватажком одного такого повстання, яке відбулося в 1594–1595 роках. Перше велике козацьке повстання (1591–1593) очолював ще один козацький ватажок – Кшиштоф Косинський. Існує кілька потенційних причин, чому Наливайко, а не Косинський зробив таку приголомшливу кар’єру в історичній уяві пізнішої епохи. Судячи з імені, Косинський був польським шляхтичем, який опинився серед козаків, а Наливайко – православним українцем, себто, за тодішніми назвами, русином. Загони Наливайка не просто повстали проти влади і грабували шляхетські маєтки, а й повернули зброю проти ініціаторів церковної унії, яка мала на меті підпорядкувати православну церкву Речі Посполитої папі римському. Схоплений і страчений королівськими урядниками, Наливайко був ідеальним кандидатом на вакансію козацького героя, який боронив козацькі вольності і прийняв мученицьку смерть за віру і народ.
Придушивши повстання Косинського і Наливайка, польські урядники та українські князі створили видимість порядку на прикордонні, але це не зупинило зростання впливу козаків у регіоні. Королівські урядники збільшили козацький реєстр і призначили заможнішим козакам платню, щоб ті контролювали низових козаків. Участь козаків у московській Смуті (вони воювали в арміях обох Лжедмитріїв, що претендували на престол) обернулася на користь полякам: у 1610 році вони пішли на Москву регулярною армією та окупували місто. Король також скористався допомогою 20-тисячного козацького війська в 1621 році, коли армія Османа ІІвзяла в облогу Хотин. Річ Посполита отримала у своє розпорядження величезну армію, яка майже нічого не коштувала державній скарбниці, але обходилася у колосальну політичну ціну цілій державі.
Петро Конашевич-Сагайдачний, гетьман козацького війська під Хотином, узяв під свою опіку переслідувану владою православну церкву. Після Берестейської унії королівські урядники заборонили висвячувати нових православних єпископів, і на 1620 рік церква лишилася майже без вищого духовенства. Того року з Москви повертався додому єрусалимський патріарх Теофан, і Сагайдачний переконав його висвятити нову православну ієрархію, попри пряму заборону короля. Це надавало козакам цілковито нової легітимності. Відтепер вони не лише воюватимуть за свої права і привілеї, а й боронитимуть
