einer der Mitverschwörer, von der Beweislast erdrückt, freimütig den geplanten Ablauf des Unsturzes einschließlich der geplanten Brandstiftungen. Die übrigen anwesenden Mitverschwörer gestanden ebenfalls. Auf Antrag von Q. Lutatius Catulus wurde Cicero zum Dank, dies verhindert zu haben, vom Senat zum pater patriae (Vater des Vaterlandes) ausgerufen. Dieser Titel des Stadtgründers Romulus war zuvor nur M. Furius Camillus nach der Vertreibung der Gallier aus Rom 387, dann Q. Fabius Maximus Cunctator, dem mehrfachen Konsul, der Süditalien von den Karthagern zurückeroberte, sowie den erfolgreichen Feldherrn Marius und Sulla verliehen worden.
Die Verschwörer wurden verhaftet und in den Häusern von Senatoren bewacht. Am Abend hielt Cicero seine dritte Rede In Catilinam, in der er die Volksversammlung über die Geschehnisse informierte und dabei die drohende Gefahr in schillernden Farben ausmalte. Für seinen Sieg dankte er den Göttern, jedoch nicht, ohne auch seine eigenen Leistungen gebührend hervorzuheben.
Cicero schwankte in der Frage der Bestrafung, da soll (so berichten es die Geschichtsschreiber Plutarch und Cassius Dio) Terentia von einer Bona-Dea-Feier in Ciceros Haus, einem Gottesdienst zu Ehren einer kleinasiatischen Gottheit, bei welchem nur Frauen zugelassen waren, zu ihm, der sich im Hause eines Freundes aufhielt, gekommen sein und ihm von den anwesenden Vestapriesterinnen ausgerichtet haben: Beim Opfer habe die schon im Erlöschen begriffene Flamme noch einmal kräftig ausgeschlagen. Dieses Vorzeichen sei so zu deuten, dass Cicero seine Absicht im anstehenden Verfahren entschlossen verwirklichen sollte.
In der Senatssitzung des folgenden Tages versuchten einige Optimaten den Popularenführer C. Iulius Caesar der Beteiligung an der Verschwörung zu beschuldigen, um sich bei dieser Gelegenheit seiner zu entledigen. Cicero erkannte jedoch erstens, dass Caesar nicht hinter der Verschwörung steckte, und zweitens, dass das Ziel, ihn so zu beseitigen, nicht erreichbar war, und ging daher nicht auf den Vorwurf ein. Zur gleichen Zeit erreichte den Senat die Nachricht, dass gewaltbereite Haufen auf dem Forum am Fuße des Capitols die Gefangenen befreien wollten und entsandte Truppen dorthin. An der Niederhaltung dieses Aufruhrs beteiligten sich vor allem die römischen Ritter unter Führung von Ciceros Freund T. Pomponius Atticus.
Am 5. Dezember tagte der Senat erneut. In dieser Sitzung erklärte der designierte Konsul D. Iunius Silanus, der nach der Geschäftsordnung des Senates als erster zum Thema sprechen durfte, die fünf Gefangenen und die vier noch gesuchten Anführer der Verschwörung müssten mit der höchsten Strafe belegt werden. Sein Kollege C. Murena und die ehemaligen Konsuln, die nächsten auf der Rednerliste, befürworteten diesen Vorschlag. C. Iulius Caesar dagegen, designierter Prätor, berief sich auf die lex Sempronia des C. Gracchus aus dem Jahre 123 v. Chr., welche die Hinrichtung römischer Bürger ohne Hinzuziehung der Volksversammlung verbot, und warnte davor, die Männer aus den vornehmsten Familien ohne Appellation an das Volk hinzurichten. Er schlug stattdessen die Einziehung ihres Vermögens und ihre Sicherheitsverwahrung in zuverlässigen Munizipalstädten vor. Cicero antwortete darauf mit seiner vierten Rede In Catilinam, da ihm jede Milde und jeder Aufschub der Bestrafung aufgrund der Waffenlager und der vielen Anhänger Catilinas als gefährlich und unsicher erscheinen musste. Während Cicero mit seinen Ausführungen nicht den Ausschlag für die Senatsentscheidung gab, gelang dies der Rede M. Porcius Catos, der entschieden für eine Hinrichtung der Täter argumentierte. Als Caesar nach der Abstimmung forderte, man möge angesichts der beschlossenen Tötung der Gefangenen wenigstens auf die Vermögenseinziehung verzichten, erregte er solche Entrüstung, dass er nur unter Ciceros persönlichem Schutz den Versammlungsort verlassen konnte. Cicero folgte allerdings letztendlich diesem Vorschlag Caesars.
Noch am selben Tag fanden die Hinrichtungen der Verurteilten P. Cornelius Lentulus Sura, C. Cornelius Cethegus, L. Statilius, P. Gabinius Capito und M. Ceparius in einem unterirdischen Gewölbe namens Tullianum, einem ehemaligen etruskischen Brunnenhaus, das Teil des Mamertinischen Kerkers war, statt. Nacheinander wurde den fünf bereits verhafteten Mitverschwörern mit dem Strang das Genick gebrochen. Cicero meldete auf dem Forum den Vollzug der Strafe: Vixerunt (Sie haben gelebt). Senatoren und Bevölkerung statteten Cicero, als er nach Hause ging, ihren Dank ab. Statt nun seinen Erfolg für sich selbst sprechen zu lassen, wurde Cicero nicht müde, seine eigene Person bei jeder Gelegenheit zu loben.
In Wirklichkeit zeigten die Schwierigkeiten, die er im Senat beim Kampf gegen Catilina zu überwinden hatte, bereits die Spaltung der römischen Führungsschichten und die Morschheit des republikanischen Systems.
Catilina fiel bei Pistoria in Etrurien durch die Truppen des Konsuls C. Antonius.
Da Caesars Einspruch gegen die Hinrichtung erwarten ließ, dass die Popularen das Urteil und seine Vollstreckung nicht tatenlos hinnehmen würden, ließ Cicero sofort die Protokolle der betreffenden Senatssitzung vervielfältigen und verbreiten. Außerdem schrieb er einen Bericht an Pompeius, den in diesen Jahren mächtigsten Mann Roms, der ja in Asien weilte. Die Schrift ist nicht erhalten, scheint Pompeius jedoch durch ihr Selbstlob sehr befremdet zu haben. Er antwortete sehr reserviert mit einer Empfangsbestätigung.
Bereits am Ende von Ciceros Konsulat zeigten sich daher erste Anzeichen der Unzufriedenheit über das harte Vorgehen gegen die Verschwörer. Am 10. Dezember, knapp drei Wochen vor den neuen Magistraten, traten bereits die zehn neuen Volkstribunen ihr Amt an, unter denen L. Calpurnius Bestia und Q. Caecilius Metellus Nepos Cicero vorwarfen, er habe ohne Mitwirkung der Volksversammlung römische Bürger hinrichten lassen.
Als Cicero an seinem letzten Amtstag, dem 29. Dezember, vor der Volksversammlung auf die Rostra, die mit den Schiffsschnäbeln erbeuteter Schiffe geschmückte Rednertribüne im Forum trat, um die Abschlussrede über sein Konsulat zu halten und noch einmal seine eigenen Leistungen zu würdigen, verboten dies die beiden Volkstribunen, die bereits gegen ihn aufgetreten waren, durch ihr Veto. Cicero durfte nur den Eid, dass er sich an das Gesetz gehalten habe, schwören. Diesen änderte er allerdings dahingehend ab, dass er verkündete, er allein habe Staat und Stadt gerettet. Die anwesende Volksversammlung stimmte dem zu. In einer der ersten Senatssitzungen des Jahres 62 erklärte der Senat dann jede Person zum Staatsfeind, die es unternehme, die Verantwortlichen für die Hinrichtung der Verschwörer zur Rechenschaft zu ziehen.
Nicht lange danach verteidigte Cicero zusammen mit Hortensius erfolgreich den als Mitverschwörer angeklagten P. Cornelius Sulla. Cicero behauptete fest dessen Unschuld und pochte auf seine besondere Glaubwürdigkeit, da er ja die Verschwörung am heftigsten bekämpft habe. Darauf warf man ihm vor: Wer Catilinarier sei bestimme Cicero. Dann ging auch noch das Gerücht um, dass er von Sulla vor Abschluss des Prozesses einen Kredit in Höhe von 2 Millionen Sesterzen erhalten habe, um sich eine feine Villa, nämlich das Elternhaus des M. Crassus, auf dem Palatin zu kaufen, um als ehemaliger Konsul endlich standesgemäß zu wohnen. Cicero bestritt rundweg jede Kaufabsicht, kaufte das Haus dann aber doch und behauptete, das Eingeständnis der Kaufabsicht hätte nur den Preis erhöht, und deswegen habe er seine Kaufabsicht abgestritten.
Während dieses Verhalten selbst bei seinen Anhängern negativ aufgenommen wurde, schuf sich Cicero einen einzelnen bedeutenden Feind bei einem Ereignis des Jahres 62: Caesars Günstling P. Clodius Pulcher schlich sich, als Frau verkleidet, in das Haus des Prätors Caesar, dessen Frau Pompeia mit anderen Frauen eine Kultfeier zu Ehren der Bona Dea abhielt, wobei Männer nicht zugelassen waren. Clodius wurde entdeckt und vor Gericht wegen Religionsfrevels angeklagt. Sein Alibi, zu diesem Zeitpunkt nicht in Rom, sondern in Interamna (im westlichen Umbrien) gewesen zu sein, platzte durch Ciceros Aussage, dass er am selben Tag in Rom mit Clodius gesprochen habe. Dennoch wurde Clodius durch Einflussnahme Caesars und Crassus’ freigesprochen. Clodius nahm Cicero die Zeugenaussage sehr übel. Cicero demütigte ihn noch dazu in einer Senatssitzung am 15. Mai, wie er Atticus in einem Brief selbst berichtet, indem er in einer Rede sagte: »Du irrst dich Clodius, die Richter haben dich nicht für die Stadt, sondern für das Gefängnis aufbewahrt, sie wollten dich nicht für die Bürgerschaft erhalten, sondern sie haben dir das Exil verwehrt.« Clodius’ Verteidiger C. Curio verfasste eine Rede gegen Cicero, umgekehrt dieser eine gegen Curio. Clodius’ Bewerbung zum Volkstribunen für das Jahr 59
