del III Reich, Yugoslavia se vio presionada dada vez más por Hitler para suscribir el Pacto del Eje (firmado en septiembre de 1940 por alemanes, italianos y japoneses), alternativamente mediante amenazas veladas y ofrecimientos diversos. Con su suministrador habitual de armamento (la fábrica checoslovaca Škoda) en manos alemanas, sin alternativa para abastecerse de armas, con una industria propia insuficiente para hacerlo y unas comunicaciones deficientes, el ejército yugoslavo se encontró en una situación desesperada ante las amenazas alemanas. Su despliegue era además inadecuado, extendiéndose por las fronteras de acuerdo a motivos políticos y no estratégicos.
Ante esta situación, el 25 de marzo de 1941 el gobierno del regente firmó el Pacto en Viena, con las salvedades logradas de los alemanes, que incluían el compromiso de no estacionar tropas y ni de utilizar el territorio yugoslavo para la campaña contra Grecia.
Sin embargo, el descontento serbio ante lo que se consideró una capitulación se tradujo en el golpe de Estado del 27 de marzo, encabezado principalmente por algunos oficiales de las fuerzas aéreas. El general Dušan Simović, jefe de la aviación yugoslava, formó un nuevo gobierno. Mientras la multitud celebraba el golpe en las calles de Belgrado, en Liubliana y Zagreb esta acción se veía sin entusiasmo como la decisión unilateral serbia de entrar en guerra. El regente se exilió (fallecería en París en 1976), proclamándose la mayoría de edad del rey Pedro II.
A pesar de la impresión en la calle y en el extranjero, Simović trató desesperadamente de calmar a los alemanes, declarando su intención de mantener los compromisos del país, incluido el pacto recién rubricado, y nombrando un ministro de Asuntos Exteriores teóricamente pro-alemán.
Hitler, enfurecido y dispuesto a destruir Yugoslavia, rechazó no obstante los intentos de conciliación del nuevo gobierno, ordenando a las pocas horas del golpe la invasión del país, que comenzó el 6 de abril de 1941 con un brutal bombardeo de Belgrado. El día anterior, el gobierno yugoslavo, tratando de reforzar su posición, suscribió un acuerdo de amistad y no agresión con la Unión Soviética, que finalmente no le reportó ayuda ninguna.
El país se vio invadido por todas sus fronteras, salvo la que compartía con Grecia. El ejército real yugoslavo únicamente resistió once días. El 17 de abril se firmó la capitulación, e inmediatamente el rey Pedro II y su gobierno se exiliaron en Londres, mientras que Yugoslavia era inmediatamente desmantelada según los deseos de Hitler manifestados en sus órdenes de ataque del 27 de marzo.
Así, Italia ocupó el sur de Eslovenia con Liubliana, parte de Dalmacia, Montenegro —teóricamente independiente como reino, aunque sin rey— y, por el sur, junto a la Albania que habían anexionado anteriormente, Kosovo y el oeste de Macedonia. Alemania se apoderó del norte de Eslovenia y del Banato (noreste de Serbia), ante la negativa rumana a que Hungría se hiciese con el control de la región, que contaba con una minoría rumana. Se creó el Estado Independiente de Croacia (NDH), que incluía Bosnia y Herzegovina y la Sirmia (Serbia centro-oriental), aliado con la Alemania nazi. El nuevo país quedaba bajo ocupación militar conjunta italo-germana, con una línea de demarcación entre las ambas zonas. Serbia, que se mantuvo bajo control alemán, fue reducida más o menos a sus fronteras anteriores a 1912 bajo un gobierno militar colaboracionista. Vojvodina quedó en su mayor parte bajo control húngaro. Bulgaria ocupó, aunque sin poder anexionarla formalmente, la parte oriental de Macedonia.
Partición de Yugoslavia en la Segunda Guerra Mundial.
En Croacia, los alemanes ofrecieron en primer lugar el poder a Maček, el jefe del mayoritario Partido Campesino Croata. Este último, miembro del gobierno camino del exilio, declinó la propuesta, aunque regresó a Croacia y reconoció al nuevo Estado independiente, que quedó en manos de Ante Pavelić y sus ustaše, aunque oficialmente se constituyera como una monarquía. El monarca elegido fue Aimon de Saboya-Aosta (nieto del rey de España Amadeo de Saboya), que adoptó el muy emblemático nombre de Tomislav II aunque, por motivos de seguridad, nunca pusiera un pie en sus posesiones. La jerarquía católica, con el arzobispo de Zagreb monseñor Aloysius Stepinac a la cabeza, aceptó de buen grado la independencia de Croacia bajo la égida nazi. Estos reconocimientos se explican por el hecho de que Yugoslavia representaba para gran parte de los croatas un Estado opresor, y que la autodeterminación de Croacia respondía a sus deseos.
Contrariamente a Croacia, en Serbia el desmantelamiento del país y la ocupación alemana se sintió como una pesada derrota, aunque los alemanes lograron encontrar a los colaboradores necesarios para la formación de un gobierno, primero con políticos poco conocidos y, más tarde, desde agosto de 1941, con el general Milan Nedić a la cabeza, un gabinete que incluía a otros dos generales del ejército real yugoslavo. Sin embargo, a pesar de su desmembramiento efectivo, el país sobrevivió tanto como idea como a través del gobierno en el exilio, que inmediatamente indicó su intención de continuar combatiendo al Eje.
Para el alto mando alemán, los Balcanes constituían una región de importancia secundaria, aunque no la perdieron de vista. La necesidad de desviar tropas de otros frentes más importantes a los Balcanes, y la posibilidad de que las distintas guerrillas que se crearon facilitasen un desembarco aliado, hicieron que tanto Hitler como Mussolini se planteasen la eliminación de estas. La región suministraba además importantes alimentos y, especialmente, metales necesarios para la producción alemana de armamento: Yugoslavia producía bauxita, cobre y antimonio, y era paso obligado del cromo turco. La región también era uno de los principales canales de abastecimiento de Rommel en África. Cubría asimismo el flanco derecho de los ejércitos destinados en la URSS de posibles ataques desde el Mediterráneo.
Los diversos territorios yugoslavos tuvieron suertes distintas durante la guerra. La porción de los territorios eslovenos anexionada al Reich, más industrial, se unió a las provincias austriacas y sufrió una brutal política de germanización que incluyó la deportación de parte de su población al NDH, a la Serbia de Nedić o a la Europa ocupada como mano de obra. Numerosos colonos alemanes se asentaron en la región. La zona anexionada a Italia tuvo un tratamiento menos duro y recibió cierta autonomía, aunque el surgimiento de un movimiento de resistencia llevó a un endurecimiento de la misma y a la represión, dando lugar a miles de muertos.
En Dalmacia, los italianos designaron un gobernador y tres prefectos, mientras que más al sur, en Montenegro, se nombró al comienzo un legado, que debía ser sustituido por un monarca que nunca llegó. Al final, el gobernador militar general Pirzio Biroli, una vez que estalló la revuelta contra el ocupante en julio de 1941, se encargó de la represión.
En Kosovo, la población musulmana vio en general con buenos ojos la ocupación italiana (asimismo impuesta en la propia Albania, lo que permitía soñar en una unión de ambos territorios), que le permitió ajustar cuentas con la población serbia, en parte colonos instalados durante el periodo de entreguerras.
La Administración búlgara trató a la población macedonia fundamentalmente como compatriotas búlgaros y trató de ganarse su favor. Hungría, por el contrario, aplicó una brutal política de magiarización en los territorios recuperados.
En Serbia, Nedić no estaba particularmente próximo a las ideas fascistas. Sin duda deseaba proteger a su pueblo del aniquilamiento físico, adoptando la misma postura que el mariscal Pétain en Francia. Sin embargo, se dirigió a sus compatriotas por radio para preconizar «el orden, el trabajo, la paz y la fraternidad». La primera labor del gobierno consistió en ocuparse de los centenares de miles de serbios refugiados de Croacia y de otras regiones en que no se sentían seguros. Nedić debió igualmente tomar postura frente al movimiento de resistencia de los chetniks (Četnici), de orientación monárquica y nacionalista serbia (defendían una monarquía serbia cuyo territorio, étnicamente puro, incluiría Serbia, Montenegro, Macedonia, Bosnia y Herzegovina y amplias zonas de Croacia), desarrollada desde el inicio de la invasión,
