Barbarroja, el 22 de junio de 1941. Para evitar que los alemanes enviasen a sus aliados ustaše y búlgaros a reprimir la resistencia serbia, Nedić aceptó la creación de una policía y una guardia estatal serbia que lanzó a la lucha contra los partisanos. En relación con los chetniks, su posición era mucho más ambigua: existieron contactos múltiples entre el entorno de Nedić y el entorno militar anticomunista de los chetniks. Esta colusión, más que para atraer a las fuerzas gubernamentales hacia algún tipo de resistencia al ocupante, sirvió por el contrario para atraer al general Draža Mihajlović, el jefe de los chetniks, hacia el colaboracionismo.
Antes de la guerra, desde el asesinato del rey Alejandro I existía en Serbia un movimiento ultranacionalista, antisemita y de orientación fascista dirigido por Dimitrije Ljotić y bastante comparable a los ustaše de Croacia. Ljotić rechazó entrar en el gobierno de Nedić, pero organizó a disposición de los alemanes una especie de milicia, el cuerpo de voluntarios serbios, rival de la guardia estatal serbia de Nedić, aunque a la postre ambas fueron utilizadas directamente por los alemanes como fuerzas supletorias en la lucha contra los partisanos.
El nuevo Estado croata fue dividido en zonas de ocupación alemana e italiana. El régimen dictatorial de Ante Pavelić (titulado Poglavnik, palabra croata que viene a significar jefe del clan) comenzó por abolir el Parlamento croata y proscribir toda oposición a su política. Desde la toma del poder por los ustaše, algunas unidades especiales sembraron el terror en las ciudades y pueblos de mayoría serbia asesinando a su población. La doctrina de los ustaše establecía que los únicos auténticos croatas eran los católicos y, en menor medida, los musulmanes. Los serbios, de religión ortodoxa, quedaban excluidos. Además, a imitación de la Alemania nazi, la nueva Croacia promulgó leyes raciales contra judíos y gitanos. Muchas iglesias ortodoxas de la región serbia incorporada de Sirmia fueron destruidas. En agosto de 1941 se establecía el campo de concentración de Jasenovac, donde fueron asesinados decenas de miles de serbios, judíos y gitanos.
Ante Pavelić visita a Hitler en Alemania el 9 de junio de 1941.
Tras las primeras matanzas de serbios, los chetniks intervinieron en su defensa. Los italianos pronto llegaron a acuerdos con fuerzas chetniks, que quedaron bajo su protección y utilizaron los territorios bajo su control para atacar a croatas y musulmanes. Los mandos italianos los utilizaron contra los partisanos y como contrapeso a los ustaše. Las fuerzas armadas croatas se mostraron incapaces de proteger a la población de los ataques de los insurrectos, y Pavelić no detuvo las persecuciones de la población ortodoxa que alimentaban la revuelta. Los continuos desmanes de Pavelić provocaron un empeoramiento de sus relaciones con los mandos militares alemanes de la región.
Un movimiento de resistencia de obediencia comunista, los partisanos antifascistas, emergió durante el verano de 1941, dirigido por el croata Josip Broz, conocido como Tito, un comunista ya organizador de las Brigadas Internacionales que lucharon en España. En 1943, de un total de 26 divisiones de partisanos, 11 se encontraban en Croacia. Los partisanos se abrieron ampliamente a los serbios perseguidos por los ustaše, aunque como estos fascistas locales y los alemanes eran cada vez peor vistos por muchos croatas y musulmanes, muchos de ellos se unieron igualmente a los partisanos, capaces ahora de liberar amplias zonas del territorio. En definitiva, un complejo entramado que daría lugar a una elevada proporción de víctimas mortales, calculadas en torno al millón de muertos durante todo el conflicto.
Los intentos alemanes de formar unidades de voluntarios y conscriptos en Yugoslavia y en la vecina Albania resultaron moderadamente exitosos durante los cuatro años de su ocupación. Por lo menos, es lo que puede decirse por el número de hombres alistados. Sin embargo, los intentos de explotar los conflictos interétnicos para consolidar su dominio sobre Yugoslavia fueron muy contraproducentes, pues agravaron y extendieron la acción de partisanos y guerrilleros de diversas facciones, enfrentados entre sí y contra las fuerzas alemanas de ocupación.
Entre 1941 y 1945, Italia se anexionó gran parte de Kosovo, reimplantando la lengua albanesa y dando la impresión, como hemos adelantado ya, de que se trataba de un país liberador frente a la opresión serbia. Sin embargo, ya en noviembre de 1941 surgió un grupo partisano local compuesto principalmente por serbios y montenegrinos. En los años sucesivos, los éxitos de estos últimos (primero ante los italianos, y a partir de septiembre de 1943 ante los nuevos ocupantes alemanes), motivarían incluso, en diciembre de 1944, una rebelión en masa de albaneses, que no querían volver a caer bajo el gobierno yugoslavo. Tuvieron que emplearse unos 30.000 soldados del Ejército Popular Yugoslavo con el fin de sofocar el levantamiento. En la nueva Yugoslavia, los albanokosovares volvieron a ser considerados un potencial enemigo interior, y por ello en los primeros años de posguerra fueron sometidos a duras represalias.
Como ya hemos avanzado, bajo la dirección de Draža Mihajlović, los chetniks, que incluían principalmente combatientes serbios de tendencia monárquica y nacionalista, fueron los primeros en organizar la resistencia a los alemanes y sus aliados. En junio 1941, el comunista Josip Broz, Tito, creó como hemos visto un movimiento de partisanos, al que otorgó, de acuerdo con la política de Moscú, el carácter de una amplia coalición antifascista que dejaba su orientación comunista en un segundo plano. Los partisanos acogieron combatientes de cualquier nacionalidad. Chetniks y partisanos hicieron por un tiempo causa común contra el enemigo, pero rápidamente se enfrentaron entre sí. Durante el otoño y el invierno de 1941, Mihajlović mantuvo contactos con Nedić, y en una ocasión se reunió con representantes alemanes, que trataron en vano de convertirlo en una fuerza colaboracionista más. A finales de año, una ofensiva alemana, apoyada por las fuerzas de Nedić, acabó con la revuelta de chetniks y partisanos. Parte de los primeros se infiltraron entre las unidades de Nedić para evitar el ataque alemán.
En el verano de 1941, tras la proclamación de Montenegro como reino bajo control italiano, se produjo otra revuelta que permitió a nacionalistas y comunistas, aquí también brevemente unidos, tomar el control de toda la región a excepción de las principales ciudades. Pronto el extremismo de los partisanos dividió a las guerrillas y permitió a las unidades reforzadas italianas, con apoyo chetnik, eliminar a los partisanos y retomar el control. Por acuerdo entre los vencedores de la campaña, las ciudades quedaron bajo administración italiana, mientras que las zonas rurales fueron entregadas a los chetniks.
En 1942, los chetniks alcanzaron su apogeo frente a sus rivales partisanos, aunque ambos grupos estaban aún formados abrumadoramente por serbios, a menudo excesivamente xenófobos. Solo en 1943 los partisanos lograron rehacerse y superar a sus rivales, tras una larga marcha que llevó a los principales restos de sus tropas de Montenegro y el este de Bosnia al oeste de esta. En esta región, castigada por los ustaše y con un movimiento chetnik más débil, las unidades partisanas se recobraron.
Los chetniks llegaron incluso a colaborar con el ocupante en ofensivas contra los partisanos. Los ingleses, que inicialmente daban apoyo a los chetniks, les abandonan finalmente a finales de 1943, tras la conferencia de Teherán, en favor de los partisanos de Tito, que en ese momento ya contaban con 300.000 hombres, presentes en todo el territorio yugoslavo, y que ya han creado amplias y numerosas zonas liberadas. A comienzos de año, los intentos de Mihajlovic de dar una imagen más liberal a su movimiento y menos panserbia, en respuesta a la propaganda partisana de Tito y su AVNOJ (Consejo Antifascista de Liberación Nacional de Yugoslavia, en sus siglas serbias), fracasó. En septiembre de 1944, el rey Pedro II lanzó un llamamiento en favor de la unión a los partisanos de Tito. El llamamiento de alzamiento de Mihajlović en Serbia fue infructuoso, pues en lugar de lograr el control del territorio o recuperar el respaldo aliado, simplemente sirvió para debilitar su organización en la región, mientras que sus acciones pasaron en general desapercibidas entre los aliados. Enfrentándose a alemanes, a las fuerzas partisanas que pretendían regresar a Serbia desde Bosnia y más tarde a las unidades soviéticas que se negaron a tratar con él, Mihajlović hubo de retirarse a finales de 1944 a Bosnia, donde las penalidades fueron disolviendo sus últimas fuerzas.
