1965 y 1972, serán ensayos preparatorios para la obra que comenzará a constituir, ahora de modo sistemático, a partir de 1976 con su incorporación a Flacso. El ofrecimiento de hacerse cargo de la dirección de esta institución le llega cuando aún no ha terminado su trabajo de doctorado, pero es demasiado atractivo y plenamente coincidente con el tipo de trabajo que aspira a realizar, de manera que no duda en aceptar.
La Flacso, en su período inicial, fue concebida como una institución para la enseñanza de la sociología, a través de la Elas (Escuela Latinoamericana de Sociología) y, luego, de la ciencia política, a través de la Elacp (Escuela Latinoamericana de Ciencia Política). La Elas, en cuanto a sus orientaciones académicas, sigue un recorrido análogo al de otras instituciones sociológicas del país. Bajo la dirección de Peter Heintz (1960-1965) predomina en ella la sociología de EE.UU., con autores como Parsons y Merton, y el enfoque de la modernización, siendo muy influyente la obra de Gino Germani. Heintz también hace una primera propuesta para orientar la labor sociológica en Flacso hacia una formación de nivel superior, de doctorado, y hacia el trabajo de investigación. El siguiente director de Elas (1965-1968), el brasileño Glaucio Dillon Soares, mantiene la preeminencia del modelo de sociología norteamericana, con énfasis en la cientificidad y especialización. En estos años, sin embargo, el ambiente intelectual en el país ha ido experimentando un marcado cambio. Entre 1967 y 1968 ha ocurrido la reforma universitaria, que desde la Universidad Católica se ha extendido a la Universidad de Chile y a otras universidades del país. Paralelamente se ha difundido en los ámbitos académicos el uso de las categorías teóricas del marxismo. En la propia Cepal, entre 1966 y 1968, un grupo dirigido por Fernando H. Cardoso, en el cual participan Enzo Faletto, Osvaldo Sunkel, Aníbal Quijano, Theotonio dos Santos y otros, desarrolla una visión crítica de los planteamientos dominantes. Esa será fuente directa del famoso libro de Cardoso y Faletto, Dependencia y desarrollo en América Latina (1969), que contribuirá a la crítica de los enfoques de la modernización y del propio enfoque económico estructuralista de la Cepal, impulsando un giro sustancial en la reflexión e investigación sobre la problemática del desarrollo. Algunos de los mismos participantes de estas discusiones, como Theotonio dos Santos, junto con otros como André Gunder Frank, Ruy Mauro Marini, en este período profesores de la Universidad de Chile, en el CESO, irán aún más allá, elaborando versiones más radicales del problema de la dependencia, con mayor influencia de la teoría marxista (Pérez Brignoli, 2008; Franco, 2009).
Esas reorientaciones intelectuales y políticas, que acompañan la efervescencia sociopolítica en el país, se manifiestan en los estudiantes y profesores de la Flacso. Esto lleva al reemplazo de Dillon Soares, por un director más favorable al nuevo espíritu, el español Luis Ramallo (1969-1973). Esas reorientaciones también incentivan la creación dentro de Flacso, de un Instituto de Coordinación de Investigaciones (ICIS), que se acuerda en 1970 y se ratifica a mediados de 1971. La creación de este instituto va en la dirección de lo que ya antes proponía Heintz, de atender a la investigación, pero le agrega un mayor énfasis de conexión con los problemas sociales de la región y con una perspectiva interdisciplinaria. Sintoniza con las características de los nuevos centros constituidos en los años recientes: el Ceren, Ceplan, Cidu y otros, en la Universidad Católica, y el CESO en la Universidad de Chile. Es un cambio respecto a la atención fundamental a la enseñanza mostrada por la Flacso desde su fundación. Se proponía, así, un trabajo de producción de conocimientos que integrara la labor de diferentes investigadores, en una perspectiva interdisciplinaria. Esto, sin embargo, encontró dificultades para su puesta en práctica. Como señala uno de los participantes, “pronto quedó en evidencia que las diferencias filosóficas y metodológicas entre los miembros del instituto eran un obstáculo insalvable”; a ello, además, se sumaron problemas de gestión, convirtiéndose la toma de decisiones en “un proceso engorroso y largo”85. Paradójicamente, el golpe militar creará un cambio radical de condiciones que facilitarán esos acuerdos y concordancias necesarias para un trabajo de investigación integrado. Lo que no se pudo bajo las condiciones favorables de la Unidad Popular se logrará bajo el ambiente hostil y represivo de la dictadura militar.
Luego del golpe militar, la Flacso cesa su actividad docente y la planta de profesores e investigadores se desmantela. La institución decide instalar una sede en Buenos Aires (1974) y luego en Ecuador y México. En 1975 comenzarán a impartirse clases en Argentina. Por su parte, la situación de la sede chilena fue materia de discusión, entre 1974 y 1975, en cuanto a la conveniencia de su continuidad institucional (Franco, 2009: 144, 145).
Hasta 1969, la Flacso había contado con el apoyo financiero y participación directa de la Unesco, pero esto termina ese año, tal como estaba programado que ocurriera. En ese momento se gestionó, bajo los auspicios de ese organismo internacional, un acuerdo intergubernamental, el cual fue finalmente ratificado, en 1971, solo por los gobiernos de Chile, Cuba y Panamá. Cuba lo suscribió como una forma de apoyar los proyectos del gobierno de Allende. Por ende, luego del golpe, el representante del gobierno cubano proponía quitarle el patrocinio a la sede chilena, para manifestar el rechazo a la dictadura y contribuir a su aislamiento. Finalmente, luego de la activa defensa de los representantes chilenos, se optó por mantener el apoyo86. Se terminó aceptando que eso podría ser una forma de prestar apoyo a la disidencia democrática en el país, manteniendo el trabajo de elaboración de un pensamiento intelectual crítico.
Entre 1972 y 1973, el secretario general de la Flacso había sido Ricardo Lagos. Con la instalación de la Secretaría General en Buenos Aires, se designó en el cargo, primero interinamente y luego definitivamente, hasta 1977, a Arturo O’Connell, quien había trabajado con Fernando Flores, en el Ministerio de Economía, bajo el gobierno de Allende, y que estaba vinculado al MAPU. Según uno de los entrevistados, ya desde fines de los 1960 tenía importancia en la institución un grupo de brasileños, entre ellos Ayrton Fausto y José Serra, vinculados con Ernani Fiori, la Universidad Católica y el MAPU. De hecho, luego del golpe la dirección de la Flacso es encomendada a Ayrton Fausto, hasta la designación de Brunner 87. Estas afinidades y conexiones políticas orientaron la selección de nuevos integrantes de la Flacso e incidieron en la designación de Brunner, quien era parte de tales redes, como director de Flacso para el nuevo período. La pertenencia a esas redes era una condición de posibilidad para ser designado, pero lo que hace optar por él son las habilidades de gestión que ya había demostrado en su labor con el grupo de rectoría de la Universidad Católica. Sus capacidades diplomáticas, eran un invaluable aporte para el momento conflictivo que se vivía, en que habría que manejar la relación con el gobierno militar, hostil a la labor de la Flacso. El reconocimiento a su padre, Helmut, por otra parte, se confiaba que operara como aura protectora de Brunner, transferible por su vía a la institución. La designación también buscaba no provocar la ruptura con el gobierno de Chile. Este desconfiaba de la institución, pero no deseaba multiplicar sus conflictos con organismos internacionales y empeorar aún más su imagen internacional (Pérez Brignoli, 2009). Aunque aún no estuviera cabalmente probada, la potencialidad académica de Brunner era el otro factor que se sumaba. Quienes lo habían conocido, no dudaban de esto. Para los demás, tendría que demostrarlo.
La dirección de la Flacso
Cuando se designa a Brunner, a principios de 1976, ya existe un grupo de investigadores en Flacso, que ha estado trabajando y publicando durante un par de años, y que se ha cohesionado en respuesta a la adversidad de la situación. Entre ellos están Enzo Faletto, Norbert Lechner, Julieta Kirkwood, Manuel Antonio Garretón, Tomás Moulian, Ángel Flisfich, Sergio Gómez, Rodrigo Baño, Eduardo Morales, Adolfo Aldunate y Augusto Varas. La llegada de Brunner al puesto de dirección sorprende y produce alguna incomodidad en quienes menos lo conocen. Al fin de cuentas, les están imponiendo como director a un joven de 31 años, que el último tiempo ha estado fuera del país, y cuya trayectoria académica, de investigación y publicaciones, todavía no despega. Para algunos que poco sabían sobre él no era tan fácil aceptar su conducción.
Algunas de sus primeras medidas, además, referidas a cambios de personal, provocaron la oposición del grupo de la Universidad de Chile. La materia, sin embargo, la confrontaron, y llegaron a un cierto acuerdo que satisfizo a las partes y estabilizó la situación.
